FDR检验的MATLAB实现

最新推荐文章于 2023-12-19 19:44:47 发布
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分类专栏： 统计 文章标签： matlab fdr
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举例
在命令行输入
‘p=[0.0051
0.0164
0.0245
0.0261
]’
enter
‘FDR=mafdr(p,‘BHFDR’,true)’
enter

matlab 计算 fdr,基因富集分析（p值，q值和FDR值）
weixin_34731836的博客
04-10 7029
统计概念配对样本均数t检验p值、pFDR和q值p值相关单个假设检验中主要依靠p值(或统计量t)做出是否拒绝零假设H0的决定：p值和预先设定的检验水准alpha做对比，如果p值小于等于alpha，拒绝原假设，否则不拒绝原假设。p值：表征了在原假设成立的条件下，重复进行当前的试验，获得现有统计量t及其更极端情况的概率。给定检验水准alpha时，可得出对应的拒绝域；根据当前试验，可以计算出p值。当p值越...
matlab mafdr,matlab FDR校正
weixin_27215337的博客
03-16 2546
http://home.52brain.com/forum.php?mod=viewthread&tid=27066&page=1#pid170857http://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/144113-mafdr-interpreting-q-values-vs-bhfdr-adjusted-p-valuesmatlab自带函...
matlab FDR校正
weixin_34148456的博客
11-28 3263
http://home.52brain.com/forum.php?mod=viewthread&tid=27066&page=1#pid170857 http://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/144113-mafdr-interpreting-q-values-vs-bhfdr-adjusted-p-values matla...
matlab mafdr,Matlab FDR校正的使用
weixin_39624360的博客
03-16 4830
分析脑电在涉及到多次比较的时候，往往要进行多重比较校正，常用的是有FWE校正和FDR，还有NBS校正，以下的是关于FDR校正的实现，资料来自网上FDR = mafdr(PValues);%最简单的实现方式，基于Storey procedure ( introduced by Storey, 2002)，适用于P值数量>1000的情况，否则原则上会崩溃。我用MATLAB测试过，会出现warni...
fdr_bh:Benjamin & Hochberg / Yekutieli 一组统计检验的错误发现率控制程序-matlab开发
06-01
执行 Benjamini & Hochberg (1995) 过程来控制假设检验系列的错误发现率 (FDR)。 FDR 是被错误拒绝的被拒绝假设的预期比例（即，这些测试的原假设实际上是正确的）。 与 Bonferroni 校正等程序相比，FDR 通常是一种不太保守/更强大的多重比较校正方法，后者提供对家庭错误率（即，一个或多个零假设被错误拒绝的概率）的强大控制。 该函数实现了 Benjamini & Hochberg 过程的两种版本：一种假设独立或正相关测试，另一种不假设测试相关性。 后一种程序（由 Benjamini 和 Yekutieli 于 2001 年发布）总是合适的，但比前者保守得多。 这两个过程都非常简单，只需要家族中所有检验的 p 值除了校正多重比较的 p 值之外，此函数还返回在 FDR 调整后仍然显着的任何 p 值的多重比较调整置信区间覆盖率。 这些“经过 FCR 调整的选
掌握错误发现率FDR：MATLAB实现与应用
Matlab提供了强大的数值计算和数据分析功能，通过编写相应的.m文件可以实现FDR的计算。.m文件是Matlab的脚本文件，用于编写和执行Matlab代码。针对FDR计算的Matlab脚本文件可能包含以下内容： - 导入数据：将需要...
fdr矫正 matlab
最新发布
01-03
### 在 MATLAB 中实现 FDR 校正 #### 使用内置函数 `mafdr` MATLAB 提供了一个名为 `mafdr` 的内置函数来执行 FDR 控制。此函数主要用于微阵列数据分析，但也适用于其他类型的多假设检验场景[^3]。 ```matlab % ...
matlab开发-fdrbh
11-14
matlab开发-fdrbh。一组统计检验的Benjamini&Hochberg;/Yekutieli错误发现率控制程序
FDR（错误发现率）：计算错误发现率（根据 Benjamini 和 Hochberg 1995）。-matlab开发
05-29
错误发现率是一种控制跨多个假设的 alpha 错误的统计方法，控制错误拒绝假设的预期比例而不是家庭错误率。 看： Benjamini, Y. 和 Yosef, H. (1995)。 控制错误发现率：一种实用且强大的多重测试方法。 皇家统计学会杂志，57(1)，289-300。http://www.jstor.org/stable/2346101
matlab 计算 fdr,科学网-根据p-value列表计算FDR（Benjamini-Hochberg）-谭月茜的博文
weixin_39595537的博客
04-10 685
#!/bin/bash#===========================================================# File Name: calfdr# Version: 1.0# Author: tanyuexi# Contact: tanyuexi@gmail.com# Date: Thu Oct 1...
matlabfig生成代码-pleiofdr:多向性告知条件和联合虚假发现率
05-26
Matlab的无花果生成代码内容 介绍 多效性告知的条件和联合虚假发现率允许通过在相关表型上利用较大的GWAS进行多效性富集，并鉴定与两种表型联合相关的遗传基因座，从而提高低功率GWAS中的基因座发现。 如果您在研究出版物中使用pleioFDR软件，请引用以下论文： Andreassen，OA等。 使用多效性告知的条件错误发现率，改进了与精神分裂症和双相情感障碍相关的常见变异的检测。 PLoS Genet 9，e1003455（2013）。 pleioFDR软件不得用于商业目的或医疗应用。 我们鼓励所有用户熟悉美国专利“识别多态性的系统和方法”。 快速开始 要在一个仅限于21号染色体的小例子上安装并运行pleioFDR，请执行以下操作： git clone https://github.com/precimed/pleiofdr && cd pleiofdr wget https://precimed.s3-eu-west-1.amazonaws.com/pleiofdr/pleioFDR_demo_data.tar.gz tar -xzvf pleioFDR_demo_data.ta
spafdr matlab,MATLAB在微阵列数据分析的FDR控制中的实现
weixin_34853926的博客
03-16 438
0、引言在多重假设检验问题中,首先是将多个单重假设检验作为一个整体(称为一个检验族),然后从总体上对这个检验族中的每个假设同时进行检验。狭义的多重比较是对多组的总体参数或多组的分布比较后的组间两两比较,比如方差分析后多组均值的比较等。而多重检验是多重比较的推广。多重比较一般指多变量情形,即对同一问题通过对多变量的反复检验来回答,如微阵列数据分析中各个因子的组间比较的假设检验等,多元回归中各自变量的...
matlab mafdr,FDR校正的程序实现及严格程度对比
weixin_33374585的博客
03-16 4070
FDR校正的程序实现及严格程度对比前言做统计分析就离不开P value<0.05，而写过科研文章的人也都知道没有经过FDR校正的P值就像一盘散沙，不用风吹，走两步自个儿就散了。那么FDR校正这个让人又爱又恨的东西是什么呢？又是如何实现呢？原理是这样：设总共有m个候选基因，每个基因对应的p值从小到大排列分别是 p(1),p(2),...,p(m),则若想控制fdr不能超过q(如0.05)，则...
SPM FDR校正
lingllllove的博客
12-19 1656
自己对topological FDR原理的理解（因为内部原理很复杂，不是特别懂，只写出简单理解，留着以后补充）：topological FDR是基于高斯随机场理论，认为voxel之间不是独立的，超过T threshold的voxel 构成了一个个cluster，然后对这些cluster进行FDR校验，这样独立单元（原来是voxel总个数，而现在就是cluster的个数）就大大减小了。这样得到的激活图就是cluster-wise FDR校验的结果，也就是topological FDR校验的结果。
matlab T型失真矫正,用matlab的guide写了个滞后校正的
weixin_34453486的博客
03-22 422
不知道有没有用s = tf('s');gs = input('请输入原开环传递函数\n 例如: 1/(s*(0.1*s+1)*(0.05*s+1)) \ngs =');% 稳态误差N = input('请输入给定信号表达式\n 例如: 1/s^2 \n N = ');E =s*N/(1+gs);G1 = E;clear ssyms s[num,den] = tfdata(G1);%开始...
FDR（矫正后的P值）问题
weixin_40640700的博客
03-19 3万+
最近在分析数据的时候，遇到一个问题。 因为在文献中大家好像都在用FDR作为指标来判断。 但是我的结果中FDR普遍为0.99且一样，而P值则小于0.05,这就让我比较迷茫？ 为什么会出现这种情况？是我在处理的哪个环节出错了吗？ 在这种情况下，是否应该根据FDR来判断，FDR处理的意义是什么？ 于是以下，就这个问题进行探究。 我处理后的部分数据： gene logFC A...
FDR校正
qq_39447698的博客
11-26 1万+
FDR校正 一、假设检验 假设检验的基本思路是： 设立零假设（null hypothesis）H0，以及与零假设H0相对应的非零假设（alternative hypothesis）H1，在假设H0成立的前提下，计算出H0发生的概率，若H0的发生概率很低，基于小概率事件几乎不可能发生，所以可以拒绝零假设。 科学研究一般会把我们希望得到的结论当作非零假设，而期望否定的结论当作零假设。只要我们证明零假设发生的概率很小，我们就有理由拒绝零假设，从而接受非零假设。 例如，我希望得到的结论是早上能够八点起床。那么零假设
FDR校正的程序实现及严格程度对比
machinelearning_er的博客
05-13 2万+
FDR校正的程序实现及严格程度对比 前言 做统计分析就离不开P value<0.05，而写过科研文章的人也都知道没有经过FDR校正的P值就像一盘散沙，不用风吹，走两步自个儿就散了。那么FDR校正这个让人又爱又恨的东西是什么呢？又是如何实现呢？ 原理是这样：设总共有m个候选基因，每个基因对应的p值从小到大排列分别是 p(1),p(2),...
p值校正，FDR（BH法）的实现过程
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weixin_42480153的博客
06-18 3万+
原理：我们要看下最常用的BH法的论文 做m次无效假设作物的数量 那么，被错误地拒绝了的无效假设的比例Q=V/(V+S)=V/R 所谓的FDR值就是Q的期望值，E（Q）=E（V/R） 如果无效假设是正确的（s=0且v=r），FDR值就和FWER（familywise error rate）一样，假设v=0(结合s=0,就是说假设结果一次错误都没有出),Q就为0；如果v>0(出...
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