NGS 分析流程（一）

最新推荐文章于 2022-05-30 10:30:27 发布

毒鸡蛋

最新推荐文章于 2022-05-30 10:30:27 发布

阅读量2k

点赞数 1

分类专栏： NGS

本文链接：https://blog.csdn.net/dujidan/article/details/109399248

版权

这篇博客介绍了NGS(Next Generation Sequencing)数据分析流程，从fastq格式的数据开始，经过质量控制、比对到bam格式，再到碱基校正。详细阐述了使用fastp进行质控清洗，BWA与sambamba进行数据比对，以及GATK4和elprep两种方案进行碱基校正的步骤和相关工具参数。

摘要由CSDN通过智能技术生成

NGS 分析流程 fastq —> bam

文章目录

NGS 分析流程 fastq ---> bam
1、fastq 数据质控清洗
2、fastq 数据比对到 bam
3、bam 数据碱基校正
- 一、方案一
- 二、方案二
总结

1、fastq 数据质控清洗

fastp调用示例如下（示例）：

tumor_fq1=$1
tumor_fq2=$2
tumor_fastq_r1=$3
tumor_fastq_r2=$4
task_cpus=$5


fastp -i ${tumor_fq1} -I ${tumor_fq2}  \
-o ${tumor_fastq_r1} -O ${tumor_fastq_r2} \
-j ${tumor_fastq_r1%/*}  -h ${tumor_fastq_r1%/*} \
-w ${task_cpus} --trim_poly_g