生信小白学习日记Day6——NGS分析流程（before bwa）

2019年6月1日，祝大家节日快乐，抖音上有个视频，采访10后熊孩子：你认为90后现在多大了？熊孩子：umm, 40-50岁吧；“你认为他们还应该过儿童节吗？”“不应该，因为他们已经是老人了。”==！

上一篇文章中用bwa mem算法进行序列比对时, 用到了一些上一步产生的$lan{e}_{i}d、${sample}的这些变量，那么这篇就来尝试解读一下bwa比对之前批量读取原始.fq文件的过程。

脚本如下：

java -jar /**/picard-tools-1.124/picard.jar CreateSequenceDictionary R=ref.fasta O=ref.dict
/**/samtools faidx ref.fasta
/**/bwa-0.7.12/bwa index -a bwtsw ref.fasta

find /**/00.rawdata -name "*_1.fq.gz" | sed 's/_1.fq.gz$//' | \
    xargs -n 1 -P 3 -I PREFIX \
    sh -c '
        sample=`dirname PREFIX`
        lane_id=`