生信小白学习日记Day3——NGS基础 NGS分析注解（质量分析软件）

2019年5月27日，天气舒适，忙碌一天之后开始今天的生信学习。今天就昨天Day2-2的一些标记加以查询说明，仅供参考。

NGS基础

NGS分析注解

1. 质量分析软件

昨天提到，拿到数据后可以通过一些软件来评估测序质量的好坏，包括fastqc、multiqc、SolexaQA等。我们今天来了解一下multiqc和SolexaQA的使用。
multiqc
来自于博文：https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/84550515
原来multiqc是基于Phython的用于整合fastq质控结果的工具。通常质控工具给出的结果都是针对一个样品产生一个报告，而当样品数量繁多时，我们必须借助工具将其整合再分析。multiqc有如下几个优点：
1）能将测序数据的多个QC结果整合成一个HTLM网页交互式报告，同时也能导出pdf文件；
2）支持多种分析类型的质控结果查看，如：RNAseq、Whole-Genome Seq、Bisulfite Seq、Hi-C和MultiQC_NGI；
3）支持整合68种软件分析的结果，而且支持的软件还在持续增加，也可以自己写作一个插件，具体见下图。

我并没有用过类似fastQC和multiQC这类的质控工具和整合工具，分析基因组数据也仅仅是停留在简单改改别人脚本再去跑的阶段，如有时间，可亲自试试，再来写写心得。
1.安装MultiQC
依赖python2.7+, 3.4+ 或者 3.5+

#pip安装
pip install git+https://github.com/ewels/MultiQC.git  #Installation with pip
#conda安装
conda install -c bioconda multiqc  # Installing with conda

pip
pip 是 Python 包管理