NGS 分析流程 （二）

一、Call Somatic

1.将bed分割，以提高效率

代码如下（示例）：

ref_fa=$1 # b37_Homo_sapiens_assembly19.fasta
target_bed=$2  
split_region_count=$3  # 5
out_path=$4  #  split_interval

gatk SplitIntervals -R ${ref_fa} -L ${target_bed} \
-scatter ${split_region_count} -O ${out_path}

2. Mutect2: Call Somatic

根据上一个的 interval_list 的个数，对 $8 进行赋值；
或者，外层使用 for 循环（示例）：

tumor_recal_bam=$1   
ctl_recal_bam=$2 
normal_name=$3  
ref_fa=$4  
out_raw_vcf=$5  
f1r2_stat=$6    
pileup_stat=$7
splited_interval_list=$8   # *.bed  "-L '../data_test/split_interval/0000-scattered.i