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宏基因组
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cling5899
Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution.
方法和数据驱动科学进步。
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas,probably in that order.——Sydney Brenner
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dRep学习笔记
MrOlm/drep: Rapid comparison and dereplication of genomeshttps://blog.csdn.net/weixin_45552562/article/details/109668589点化了我推荐用conda安装conda create -n drepconda activate drepconda install drep -c bioconda也可以用pip,但是有一些依赖的包可能需要自己下pip install drep原创 2022-05-10 10:39:25 · 1815 阅读 · 0 评论 -
微生物多样性数据分析(16S)
微生物多样性数据分析(16S)9个可变区,10个保守区,扩增V3区、V4区、或者一起、或者V6、V9。OTU(Operational taxonomic unit)OTU(operational taxonomic units) 是在系统发生学研究或群体遗传学研究中,为了便于进行分析,人为给某一个分类单元(品系,种,属,分组等)设置的同一标志。通常按照 97% 的相似性阈值将序列划分为不同的 OTU,每一个 OTU 通常被视为一个微生物物种。相似性小于97%就可以认为属于不同的种,相似性小于95%,可原创 2022-04-21 09:22:22 · 3669 阅读 · 1 评论 -
CheckM-Options-zn
CheckM的GitHub官网CheckM英文帮助文档参考链接CheckM (宏)基因组质量评估国家微生物科学数据中心-CheckM使用说明内有视频及PDF讲解,还可线上测试。BackgroundCheckM首先基于完整的已测序细菌基因组作为参考基因组,构建基因组的进化树,构建每个谱系(可以理解为一类物种)的单拷贝基因集(管家基因)(single copy genes,SCGs,为什么是单拷贝?因为这样可以开展基因组混合程度、污染程度等的评估)。在使用时,将我们的Bin与参考基因组一.原创 2022-04-20 15:03:47 · 2750 阅读 · 0 评论 -
生物信息学Bioinformatics学习笔记(三)-高通量测序
文章目录High throughput Sequencing基因组计划:**Human Genome Project, HGP**基因组测序方法2.1 鸟枪法测序2.2 新兴的测序技术第一代测序技术第二代测序技术第三代测序技术第四代测序技术2.3 基因组测序的未来High throughput Sequencing高通量测序技术基因组计划:Human Genome Project, HGP人类基因组计划与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并称为三大科学计划,是人类科学史上的又一个伟大工程,被誉为生命科学的原创 2022-04-01 17:03:08 · 1557 阅读 · 0 评论 -
MetaBAT2学习笔记
🏃以下均为我个人在宏基因组学习过程中的笔记,参考性不大,参考链接很靠谱。🙋有什么想找的请直接Ctrl + F (我写的很乱)😺下面🏃这些链接是我在学习中的参考文章https://www.jianshu.com/p/66ab14988a74https://zhuanlan.zhihu.com/p/54080691https://zhuanlan.zhihu.com/p/64607571https://mp.weixin.qq.com/s/BHCs2Y97jXL-2kInlu49UA分箱B.原创 2022-04-01 09:40:45 · 3107 阅读 · 1 评论