生物信息学学习笔记（二）--蛋白质的结构分析与预测Structural analysis & prediction of proteins

生物信息学-蛋白质的结构分析与预测

Structural analysis & prediction of proteins

1.蛋白质结构分类 (Classification)

primary structure—secondary structure—Domain

SCOP分类数据库
蛋白质结构分类数据库SCOP（structure classification of proteins）
SCOP的层次:家族（family）、超家族（superfamily）、折叠（fold）、结构类型（class）

蛋白质家族：

1.（序列含义）对位排列具有大于50%的同一性，且具有相似生化功能的一组蛋白质。–SCOP, CATH

2.（结构含义）具有显著结构相似性但序列相似性并不必需的一组蛋白质。 --FSSP/DALI
蛋白超家族： 有远源序列相似性的不等长度的蛋白质家族的组合。超家族成员具有共同的进化祖先

2.蛋白质结构显示 (Visualization)

3.蛋白质结构预测 (Prediction)

蛋白质结构从头预测方法的探索

Home - Prediction Center

4.蛋白质结构分析的应用 (Application)

1.基本理化性质分析

－ Amino acid composition (氨基酸组成)
－ Molecular weight (分子量)
－ Hydrophobicity (疏水性)
－ Solvent accessibility (溶剂可进入性)
－etc

分析工具：
单机软件：BioEdit, DNAstar, etc
在线服务：Expasy Protparam, Protein calculator, EBI-
SAPS, etc

2.蛋白转运信号与细胞定位分析

Prediction of subcellular location and signal sequences

3.跨膜蛋白结构分析

4.修饰位点、切割位点分析及其他

－ Glycosylation site (糖基化位点)
－ Acetylation site (乙酰化位点)
－ Phosphorylation site (磷酸化位点)
－ Cleavage site by protease (蛋白酶切割位点)
－ etc

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