dRep学习笔记

最新推荐文章于 2024-04-12 14:31:20 发布
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分类专栏： 生物信息学 宏基因组 文章标签： 学习 python 开发语言
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cling5899
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专栏目录
drep:基因组的快速比较和去复制
05-05
复制 dRep是用于快速比较大量基因组的python程序。 dRep还可以通过识别高度相似的基因组并为每个基因组选择最佳的代表性基因组来“去复制”一个基因组。 提供了手册，安装说明和API。 可在获得 开源预印本可在 用pip安装 $ pip install drep 快速开始 基因组比较： $ dRep compare output_directory -g path/to/genomes/*.fasta 基因组重复复制： $ dRep dereplicate outout_directory -g path/to/genomes/*.fasta 确保依赖项已正确安装： $ dRep check_dependencies 依存关系 必需的 以成对的方式快速比较所有基因组 用于在基因组之间执行更比较，这与Mash相似 可选的 CheckM用于确定基因组的污染和完整性（在重复复制
Check Dependency(一个检查.net文件部署完整性工具)
weixin_34186931的博客
11-21 152
由于.net很方便对Assembly进行引用，所以，在一个大的项目的发布文件中，通常会有数十上百个dll。如果这些dll之间的依赖出现问题，那么在运行时就会出现下面类似情况 面对这种问题，我们通常会觉得很无辜，因为这毕竟不是代码的逻辑错误造成的问题。但是面对客户，这是一个严重的错误。所以，我们要想办法避免这个错误。 为了解决这个问题，我写了Check Dependency小工具。 ...
基因组去冗余主流软件安装
最新发布
qq_47054630的博客
04-12 784
CD-HIT。
关于微生物群落功能冗余的思考
01-03
关于微生物群落功能冗余的思考，鲁海燕，徐艾诗，土壤是微生物的大本营，它承载了大部分生命的基因多样性。微生物群落在各种生态进程中具有重要作用，然而对于微生物多样性与执行
BeanDefinition之dependencyCheck
qq_38257958的博客
12-12 375
简单来说，就是检查相关属性是否都赋上值如果我们业务上需要某个bean的所有属性值是无缺失的，我们可以利用BeanFactoryPostProcessor修改BeanDefinition的dependencyCheck属性，让Spring在启动时就报错，避免上线产生问题。
dRep-基因组质控、去冗余及物种界定
Neptuneyut的博客
11-10 1406
文章目录概述使用结果参考 概述 在许多情况下，确定微生物之间的关系是研究问题的中心。 居住在建筑物表面的微生物是否与居住在其租户中的微生物相同？ 医院病房中的微生物是否与新生婴儿中的微生物相同？ 生活再木制表面的大肠杆菌与生活在塑料的大肠杆菌一样吗？常常通过平均核酸相似性（Average Nucleotide Identity, ANI)来衡量。 基本思想是比对两个基因组并计算比对中错配的数量。 例如，ANI为99％的基因组每100个碱基之间有1个错配，而ANI为95％的基因组每100个碱基之间有5个错配，
drep：微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-12 8570
在微生物分离培养、分箱中获得的大量的基因组、宏基因组拼接的基因组(MAG)，如何确定到底有多少种非冗余的细菌基因组呢?来自加州大学伯克利分校Jillian F Banfield组开发的d...
【失败日志】fastANI(for dRep)的安装遇到的依赖项问题
youfeng_xjy的博客
10-28 261
我的dRep是pip install安装的，安完就直接跑了，跑了几个小时后发现fastANI未找到（如果环境中没有mash同样会卡住哈，而且mash的报错会比fastANI先出现）。总之，conda search fastani -c bioconda，找到conda有的fastani的版本。我原先的fastANI是conda装的（1.3.4），（这个fastANI似乎没有参数可以从终端调出版本号）之后，发现能够找到fastANI的location，但是fastANI的check仍然是ERROR。
Nature子刊：宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
06-22 7186
宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程从宿主相关的短读长鸟枪宏基因组测序数据中恢复原核基因组Recovering prokaryotic genomes from host-associate...
MASH--超快速估计基因组距离
Neptuneyut的博客
03-15 4345
Mash Mash, Fast genome and metagenome distance estimation using MinHash Install Usage Tutorials 简单基因组距离评估 下载 E. coli 基因组: genome1.fna genome2.fna 运行： mash dist genome1.fna genome2.fna 结果： 制表符分割的文件，代表着Reference-ID, Query-ID, Mash-distance, P-value, and Ma
DREP-Chain：一个开放的连接器和工具箱平台http://docs.drep.org
02-04
DREP链什么是drep？ drep是用Go（golang）编写的Drep的完整节点实现。 它充当Drep加密货币的完全验证链守护程序。 drep维护Drep过去的整个交易分类帐，并允许将交易中继到世界各地的其他Drep节点。 该软件目前正在...
drep:动态正则表达式打印
04-13
drep是动态正则表达式打印 drep是具有动态可重载过滤器表达式的grep 。 这允许过滤日志/行流，同时动态更改过滤器。 过滤器是正则表达式或纯文本匹配项，通过输入文件提供。 这是一个示例用法： tail -f /var/log/...
一张图了解DREP的技术路线图！
01-20
DREP的核心技术包括： （1）独有的DREP公链是由DREP团队基于DBFT算法开发的，兼容 EVM 和 WASM格式的智能合约，具有双层架构：稳定的根链及可定制的子链系统。 DREP Chain已经正式上线并开源了4个测试网络的版本： ...
技术与产品并驱，DREP打造国际化生态，诠释区块链赋能商业之路——DREP 2019年终报告
01-07
作为行业内致力于打造区块链技术“连接器”和“工具箱”的早期践行者，DREP在“区块链+”的赛道上砥砺前行，与国内外近百家企业进行需求沟通，对接技术实现方案。2019年，DREP在技术落地及生态建设等各方面都交出了...
开源工具系列5：DependencyCheck
wolaisongfendi的博客
03-09 2060
Dependency-Check 是 OWASP（Open Web Application Security Project）的一个实用开源程序，用于识别项目依赖项并检查是否存在任何已知的，公开披露的漏洞。
如何解决kaldi的依赖库mkl安装失败的问题
笔者从事电信媒体开发多年，愿意将多年的开发经验分享给同行
01-18 3744
最近在学习如何使用kaldi进行语音识别。按照进程进行安装部署时发现Intel MKL库总是失败。 通过搜索大量的资料，但都发现不太适用。现在将失败的症状和解决方法分享一下，希望能给读者提供一些帮助。
Dependency Check的实战应用
liwenxiang629的博客
08-26 3019
Dependency Check来检查代码中是否存在任何已知的，公开披露的安全漏洞。他检查依赖项中是否存在漏洞的原理也跟我们熟知的病毒查杀软件一样，预先定义好目前已知的安全漏洞库，检查依赖包时，发现这些漏洞就会报错，最后定期更新安全漏洞库即可！关于Dependcy check 的原理和基础使用方式我在前面的文章中已经介绍了，具体参考文章： 代码依赖包安全漏洞检测神器 —— Dependency Check 本文我会重点介绍一下dependency check的实战使用细节，主要包括在maven中的使..
dependency check工具的使用
热门推荐
bluebiubiu的博客
11-09 1万+
前置条件：先下载dependency check文件包 Dependency-Check工具下载地址https://owasp.org/www-project-dependency-check/，在右侧选择command line，如下图： 方式一：用命令行来运行 windows下的命令 dependency-check.bat --disableRetireJS--disableNodeJS --project test -s D:\checkjar\ -o D:\report\ ...
drep checkm
07-28
dRep checkm是dRep软件中的一个命令，用于检查基因组的完整性和质量。在运行dRep checkm命令时，会检查一些依赖软件的安装情况，如mash、nucmer、ANIcalculator、centrifuge、nsimscan和fastANI。如果这些软件没有正确安装或位置不正确，dRep checkm命令会显示错误信息。\[1\] 另外，在dRep中还有其他一些命令可以用于去除基因组目录中的冗余。例如，可以使用dRep dereplicate命令以一定的ANI阈值对基因组进行聚类，并将相似度较高的基因组放入物种级别的次要集群。要去冗余基因组，可以使用以下命令：dRep dereplicate -p {threads} {params.outdir} -g {params.indir}/*.fa -pa 0.90 -sa 0.95 -nc 0.30 -cm larger --genomeInfo {input.checkm} -comp 50 -con 5。其中，pa参数表示主要集群的ANI阈值，sa参数表示次要集群的ANI阈值。\[2\] 此外，还可以使用bwa和samtools等工具对基因组进行比对和排序。例如，可以使用bwa mem命令将基因组比对到参考序列上，并使用samtools进行排序和索引。具体命令如下：bwa index {input.catalog}、bwa mem -t {threads} {input.catalog} {input.fwd} {input.rev} | samtools view -bS - | samtools sort -@ {threads} -o {params.alignedsorted}、samtools index {params.alignedsorted}、samtools flagstat {params.alignedsorted} > {output.flagstat}。\[3\] #### 引用[.reference_title] - *1* [dRep学习笔记](https://blog.csdn.net/dunghill_cock/article/details/124682718)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [Nature子刊：宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程](https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/118124686)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

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