生物信息学
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cling5899
Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution.
方法和数据驱动科学进步。
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas,probably in that order.——Sydney Brenner
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dRep学习笔记
MrOlm/drep: Rapid comparison and dereplication of genomeshttps://blog.csdn.net/weixin_45552562/article/details/109668589点化了我推荐用conda安装conda create -n drepconda activate drepconda install drep -c bioconda也可以用pip,但是有一些依赖的包可能需要自己下pip install drep原创 2022-05-10 10:39:25 · 1760 阅读 · 0 评论 -
如何加快压缩和解压缩的速度
原文生信技能树本篇为学习该视频后的个人练习如何加快压缩和解压缩的速度gzip/gunzip压缩:gzip readme.txt解压:gunzip readme.txt.gzzip/unzip压缩:zip readme.txt.zip readme.txt解压:unzip readme.txt.zipbzip2压缩:bzip2 readme.txt解压:bizp2 readme.txt.bz2tar(适用于多个文件)压缩:tar -zcvf output.tar.g转载 2022-04-29 10:08:32 · 4292 阅读 · 0 评论 -
微生物多样性数据分析(16S)
微生物多样性数据分析(16S)9个可变区,10个保守区,扩增V3区、V4区、或者一起、或者V6、V9。OTU(Operational taxonomic unit)OTU(operational taxonomic units) 是在系统发生学研究或群体遗传学研究中,为了便于进行分析,人为给某一个分类单元(品系,种,属,分组等)设置的同一标志。通常按照 97% 的相似性阈值将序列划分为不同的 OTU,每一个 OTU 通常被视为一个微生物物种。相似性小于97%就可以认为属于不同的种,相似性小于95%,可原创 2022-04-21 09:22:22 · 3564 阅读 · 1 评论 -
CheckM-Options-zn
CheckM的GitHub官网CheckM英文帮助文档参考链接CheckM (宏)基因组质量评估国家微生物科学数据中心-CheckM使用说明内有视频及PDF讲解,还可线上测试。BackgroundCheckM首先基于完整的已测序细菌基因组作为参考基因组,构建基因组的进化树,构建每个谱系(可以理解为一类物种)的单拷贝基因集(管家基因)(single copy genes,SCGs,为什么是单拷贝?因为这样可以开展基因组混合程度、污染程度等的评估)。在使用时,将我们的Bin与参考基因组一.原创 2022-04-20 15:03:47 · 2696 阅读 · 0 评论 -
生物信息学Bioinformatics学习笔记(四)- Data analysis-16sRNA
Data analysis-16sRNA常用V3V4区域进行扩增子测序Basic analytical procedure1.原始数据处理·去除接头序列,并将双端测序序列拼接成单条序列。·根据测序barcode序列区分不同的样本序列。·过滤低质量序列和无法比对到16s rDNA数据库的序列。2.OTU(可执行操作单元)分类和统计·以97%的序列相似度将所有序列进行同源比对并聚类成OTUs (QIIME -ucluster)·与数据库GreenGenes比对 (uclust)http://原创 2022-04-07 10:17:33 · 2353 阅读 · 0 评论 -
生物信息学Bioinformatics学习笔记(一)
文章目录生物信息学第一章 绪论History(根据19年的一份综述)生物信息学的研究内容生物信息学的应用领域第二章 模式生物和生物信息学数据库资源第一节 模式生物测序第二节 三大核酸数据库第三节 蛋白质数据库第三章 生物信息学数据库查询第一节 生物信息数据库的储存第二节 GenBank中序列的获取第三节 数据库文献的检索第四章 序列分析第一节 序列比对的内容Sequence Alignment第二节 BLAST应用示例第五章 进化与系统发生分析第一节 生物进化的分子基础第二节 基本概念第三节 系统发生树的构原创 2022-03-21 23:32:24 · 6946 阅读 · 0 评论 -
生物信息学简史,A brief history of bioinformatics- Briefings in Bioinformatics综述解读
A brief history of bioinformatics 原文DOI号:10.1093/bib/bby063参考链接生物信息学简史-生信自学网A Brief history of Bioinformatics1950–1970: The originsProtein analysis was the starting point生物信息学在DNA中的应用要落后于蛋白质研究将近20年时间,因为50年代早期普遍认为蛋白质才是遗传信息载体。Dayhoff: the first bio.原创 2022-03-22 10:01:29 · 1668 阅读 · 0 评论 -
生物信息学Bioinformatics学习笔记(三)-高通量测序
文章目录High throughput Sequencing基因组计划:**Human Genome Project, HGP**基因组测序方法2.1 鸟枪法测序2.2 新兴的测序技术第一代测序技术第二代测序技术第三代测序技术第四代测序技术2.3 基因组测序的未来High throughput Sequencing高通量测序技术基因组计划:Human Genome Project, HGP人类基因组计划与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并称为三大科学计划,是人类科学史上的又一个伟大工程,被誉为生命科学的原创 2022-04-01 17:03:08 · 1552 阅读 · 0 评论 -
MetaBAT2学习笔记
🏃以下均为我个人在宏基因组学习过程中的笔记,参考性不大,参考链接很靠谱。🙋有什么想找的请直接Ctrl + F (我写的很乱)😺下面🏃这些链接是我在学习中的参考文章https://www.jianshu.com/p/66ab14988a74https://zhuanlan.zhihu.com/p/54080691https://zhuanlan.zhihu.com/p/64607571https://mp.weixin.qq.com/s/BHCs2Y97jXL-2kInlu49UA分箱B.原创 2022-04-01 09:40:45 · 3052 阅读 · 1 评论 -
生物信息学学习笔记(二)--蛋白质的结构分析与预测Structural analysis & prediction of proteins
生物信息学-蛋白质的结构分析与预测Structural analysis & prediction of proteins文章目录生物信息学-蛋白质的结构分析与预测1.蛋白质结构分类 (Classification)2.蛋白质结构显示 (Visualization)3.蛋白质结构预测 (Prediction)蛋白质结构从头预测方法的探索4.蛋白质结构分析的应用 (Application)1.基本理化性质分析2.蛋白转运信号与细胞定位分析3.跨膜蛋白结构分析4.修饰位点、切割位点分析及其他1原创 2022-03-24 11:50:07 · 5750 阅读 · 1 评论