复合蛋白amber坐标和拓扑文件的创建
作者:朱宁 来源:大科研小分享
前言
分子动力学(Molecular Dynamics, MD)是一门结合物理,数学和化学的综合技术。目前主流分子动力学软件有NAMD、GROMACS、AMBER等。
AMBER分子动力学程序包是由加州圣弗兰西斯科大学(UCSF)的Peter A Kollman和其同事编写的,程序很全,大约包含60多个程序,相互协调工作。现在已经发展到版本20。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子,包括蛋白、核酸以及药物小分子。
本文中,笔者将以T4溶菌酶L99A / M102Q和2-丙基苯酚(PDB ID:3htb)的复合蛋白为例,在ubuntu环境下创建amber MD的坐标和拓扑文件,以便于学习、分享之用,如有侵权,请联系删除。
操作环境:ubuntu18.04 操作软件:ambertools19、文本编辑器 文件准备:3htb.pdb 小分子resp电荷计算网站: https://upjv.q4md-forcefieldtools.org/REDServer-Development/01
PDB文件的准备 首先,我们对需要模拟的复合蛋白的PDB文件进行清理 (PDB文件中用于设置amber模拟的唯一必需数据或有用数据是:原子名称,残基名称,某些与配体成键的水分子可能还有链标识符(如果存在多个链)以及重原子的坐标),对于复合蛋白如果有氢原子,建议是全部删除后,利用 reduce、H++、chimera 或者 amber 中 l eap 添加。 打开终端,终端输入命令:pdb4amber -i 3htb.pdb -o complex.pdb --reduce --dry
# --reduce:用reduce加氢,--dry:删除所有水分子。
# 如果想删除所有H原子,后面加上 -y 即可,示例中的3htb.pdb中没有H原子。
注:
pdb4amber不能清理PDB文件中MD模拟不需要的链以及多余的配体,需要手动删除。同时,
pdb4amber清理PDB文件时会预测组氨酸的质子化状态(
δ 、 ε、 δ 和ε位置均质子化),然后分别对组氨酸残基重命名(
HID,HIE,HIP)。 示例中3hth.pdb中某些组氨酸残基名
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