分子模拟软件amber_使用Amber创建小分子与蛋白质复合蛋白的坐标和拓扑文件

复合蛋白amber坐标和拓扑文件的创建

作者：朱宁    来源：大科研小分享

前言

分子动力学(Molecular Dynamics, MD)是一门结合物理，数学和化学的综合技术。目前主流分子动力学软件有NAMD、GROMACS、AMBER等。

AMBER分子动力学程序包是由加州圣弗兰西斯科大学(UCSF)的Peter A Kollman和其同事编写的，程序很全，大约包含60多个程序，相互协调工作。现在已经发展到版本20。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子，包括蛋白、核酸以及药物小分子。

本文中，笔者将以T4溶菌酶L99A / M102Q和2-丙基苯酚(PDB ID:3htb)的复合蛋白为例，在ubuntu环境下创建amber MD的坐标和拓扑文件，以便于学习、分享之用，如有侵权，请联系删除。

操作环境：ubuntu18.04 操作软件：ambertools19、文本编辑器 文件准备：3htb.pdb 小分子resp电荷计算网站： https://upjv.q4md-forcefieldtools.org/REDServer-Development/

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PDB文件的准备 首先，我们对需要模拟的复合蛋白的PDB文件进行清理 (PDB文件中用于设置amber模拟的唯一必需数据或有用数据是：原子名称，残基名称，某些与配体成键的水分子可能还有链标识符(如果存在多个链)以及重原子的坐标)，对于复合蛋白如果有氢原子，建议是全部删除后，利用 reduce、H++、chimera 或者 amber 中 l eap 添加。 打开终端，终端输入命令:

pdb4amber -i 3htb.pdb -o complex.pdb --reduce --dry # --reduce：用reduce加氢，--dry：删除所有水分子。# 如果想删除所有H原子，后面加上 -y 即可，示例中的3htb.pdb中没有H原子。

注： pdb4amber不能清理PDB文件中MD模拟不需要的链以及多余的配体，需要手动删除。同时， pdb4amber清理PDB文件时会预测组氨酸的质子化状态( δ 、 ε、 δ 和ε位置均质子化)，然后分别对组氨酸残基重命名( HID，HIE，HIP)。 示例中3hth.pdb中某些组氨酸残基名 HIS࿰