biopython1_序列操作

目录：

1.DNA---RNA---protein互相转换

# -*- coding: utf-8 -*-
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'''
实际的生物学上的转录过程是将模板链反向互补（TCAG → CUGA）生成mRNA。但是，
在Biopython和生物信息学领域，我们通常会直接利用编码链，因为我们可以通过 T → U的转换获得mRNA。
 
'''
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio.SeqUtils import GC
from Bio.Alphabet import generic_alphabet
 
#生成序列
 
my_seq = Seq("AGTACACTGGT")
 
'''
my_seq
Out[5]: Seq('AGTACACTGGT', Alphabet())
print my_seq
AGTACACTGGT
'''
my_seq.alphabet
'''
Out[7]: Alphabet()
'''
#互补
my_seq.complement()
'''
Out[8]: Seq('TCATGTGACCA', Alphabet())
'''
#反向互补
my_seq.reverse_complement()
'''
Out[9]: Seq('ACCAGTGTACT', Alphabet())
 
'''
my_seq = Seq('GATCGATGGGCCTATATAGGATCGAAAATCGC', IUPAC.unambiguous_dna)
 
#计算G和C的概率
 
GC(my_seq)
 
'''
Out[13]: 46.875
'''
str(my_seq)
 
'''
Out[14]: 'GATCGATGGGCCTATATAGGATCGAAAATCGC'
 
'''
protein_seq = Seq("EVRNAK", IUPAC.protein)
 
dna_seq = Seq("ACGT", IUPAC.unambiguous_dna)
 
#不同性质序列叠加会报错
 
#protein_seq + dna_seq
 
#转化为通用的字母表后，不同序列可以叠加
 
protein_seq.alphabet = generic_alphabet
 
dna_seq.alphabet = generic_alphabet
 
protein_seq + dna_seq
 
'''Out[27]: Seq('EVRNAKACGT', Alphabet())'''
 
#创建DNA序列的 编码链
 
coding_dna = Seq("ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG", IUPAC.unambiguous_dna)
 
#模板链(反向互补)
 
template_dna = coding_dna.reverse_complement()
 
'''template_dna
 
Seq('CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT', IUPACUnambiguousDNA())'''
 
 
# transcribe 转录方法将编码链转录成对应的mRNA
 
messenger_rna = coding_dna.transcribe()
 
'''
Seq('AUGGCCAUUGUAAUGGGCCGCUGAAAGGGUGCCCGAUAG', IUPACUnambiguousRNA())
'''
#Seq 对象还包含了从mRNA逆向转录为DNA编码链的方法。同样，这仅仅是从U → T的替代并伴随着字母表的变化
messenger_rna.back_transcribe()
'''
Out[30]: Seq('ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG', IUPACUnambiguousDNA())
'''

#继续使用在转录那个小节中的例子，现在让我们将这个mRNA翻译成相对应的 蛋白质序列
 
#rna编码和DNA编码都可以翻译成对应蛋白质
 
protein_seq1=messenger_rna.translate()
 
'''
Seq('MAIVMGR*KGAR*', HasStopCodon(IUPACProtein(), '*'))
'''
#直接从DNA翻译为蛋白质
 
protein_seq2=coding_dna.translate()
 
 
#DNA重编程，使用mutable函数
 
my_seq = Seq("GCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGA", IUPAC.unambiguous_dna)
 
mutable_seq = my_seq.tomutable()
 
'''
Out[38]: MutableSeq('GCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGA', IUPACUnambiguousDNA())
 
'''
 
#更改DNA编码
 
mutable_seq[5] = "C"
 
'''
MutableSeq('GCCATCGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGA', IUPACUnambiguousDNA())
'''
mutable_seq.remove("T")
mutable_seq.reverse()
mutable_seq

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