表观研究ChIP技术
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朱小鸥说表观
复旦大学,表观遗传学十年技术经验,13817407320(微信同号)
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染色质免疫沉淀(ChIP)技术笔记之(8):疑难解答
染色质免疫沉淀ChIP常见问题与解决方案原创 2024-08-28 10:36:07 · 353 阅读 · 0 评论 -
染色质免疫沉淀(ChIP)技术笔记之(7):下游PCR、qPCR及sequence
染色质免疫沉淀(ChIP)技术下游衔接三大实验:PCR、qPCR及sequence原创 2024-08-28 10:24:43 · 572 阅读 · 0 评论 -
染色质免疫沉淀(ChIP)技术笔记之(6):操作步骤Protocol
上述用于质控DNA片段长度的样本在蛋白酶K消化后得到游离DNA片段,可以直接用于琼脂糖凝胶电泳,也可以使用 DNA纯化试剂进一步的纯化后再电泳,在DNA纯化过程中高丰度的RNA会干扰目的DNA纯化,因此需要使用 RNase A 处理样本,否则纯化步骤会被RNA干扰而导致DNA产物大大减少。不是简单的混合在一起的,而是一个融合表达分子,将两种分子的优势集于一身,可以对实验中绝大部分种属来源的抗体都有很高的亲和力,能强力捕获常见的兔源抗体、小鼠源抗体、山羊源抗体、绵羊源抗体、人源抗体及大鼠源抗体等。原创 2024-08-27 16:56:21 · 873 阅读 · 0 评论 -
染色质免疫沉淀(ChIP)技术笔记之(5):所用ChIP kit 及仪器
• 全长接头试剂盒Multiplex Oligos for Illumina® (Full Length Adaptors) (for ChIP-seq, CUT&RUN),品牌:Engibody,货号为LIB-SEQ-30001,用于ChIP-seq中对免疫富集得到的DNA片段进行测序文库构建时需要。• Smart-Lib™ DNA建库试剂盒 for illumina® (超声及MNase法),品牌:Engibody,货号为LIB-SEQ-30000-12。原创 2024-08-27 16:44:12 · 731 阅读 · 0 评论 -
染色质免疫沉淀(ChIP)技术笔记之(4):实验结果&示例展示
ChIP实验仅仅是从样本中免疫沉淀富集特定目的DNA片段的过程,必须衔接下游实验才能得出有价值的结果。最常见的下游实验有四种。此方法已经基本被功能强大的二代测序所淘汰了。全部位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平。特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平。特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平。第四部分:实验结果与示例展示。全基因组范围内的筛选和发现。原创 2024-08-27 16:40:06 · 476 阅读 · 0 评论 -
染色质免疫沉淀(ChIP)技术笔记之(3):实验分组&对照
一般第一次做ChIP实验时需要做一个阳性抗体对照,用于验证整体实验样本和实验体系的有效性,阳性抗体通常选择与比较保守的已知靶标蛋白相结合的抗体,例如组蛋白H3抗体或RNA Polymerase II抗体等。ChIP Spike-in指的是在一个ChIP实验中,在纯化富集得到的目的DNA片段混合液中掺入一定量的已知序列外源DNA片段(最常用的就是lambda噬菌体的DNA)用于整个实验的质控及标准化,后续的荧光定量PCR可以检测Spike-in,得到的Ct值可以作为内参对目的Ct值进行标准化处理。原创 2024-08-27 16:36:24 · 534 阅读 · 0 评论 -
染色质免疫沉淀ChIP技术笔记之(1):应用场景
染色质免疫沉淀ChIP实验技术是理解染色体的一种革命性工具,使研究者可以了解DNA及其相结合的调控因子之间的时空动态相互作用。原创 2024-08-27 16:18:27 · 300 阅读 · 0 评论