nanopore
文章平均质量分 53
G_P_Liu
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
Guppy从nanopore下机fast5文件中进行basecalling时所需config文件的确定
使用Guppy进行basecalling时需要指定与芯片类型匹配的config文件。所有config文件均在Guppy软件的data文件夹下。如果已知所用芯片型号,则直接选择对应的config即可。可以看到这批数据用的flow cell type是FLO-MIN106,所用的Kit type是SQK-RNA002。因此,所需的config文件是rna_r9.4.1_70bps_hac。运行Guppy时,-c参数后跟后缀为.cfg的文件:rna_r9.4.1_70bps_hac.cfg即可。原创 2023-06-05 11:26:37 · 805 阅读 · 2 评论 -
tombo resquiggle遇到的多种错误及解决方案
运行tombo resquiggle过程中遇到的一些问题及解决方案。原创 2023-03-01 16:05:32 · 592 阅读 · 2 评论 -
linux安装ont-tombo出现的问题及解决方案
tombo作为fast5格式数据的可视化工具及检测碱基修饰的基础工具,对于nanopore测序数据的分析至关重要。尽管官方文档给出了conda和pip两种安装方式,但实际操作中总会遇到各种问题。本文总结了自己的安装过程中遇到的错误,并根据公开资料整理了相应的解决方案。希望能够对nanopore数据分析的初学者有所帮助。原创 2023-02-27 14:07:34 · 423 阅读 · 0 评论