主要流程参考git的官方指导:
https://github.com/uw-ipd/RoseTTAFold2NA
国内部署可以参考:
PSP - 蛋白质与核酸(RNA\DNA)复合物结构预测 RoseTTAFoldNA 算法框架
pyg安装仍然很慢,可以参考:
nt数据的下载。采用github介绍的perl脚本下载nt数据会报错。github推荐代码:
update_blastdb.pl --decompress nt
可以用wget或aria2c先将nt.gz下载到本地,再进行建库。
下载及建库代码:
#wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz
aria2c -x 8 -s 4 -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz" --dir="/your/path"
gunzip nt.gz
makeblastdb -in nt -dbtype nucl -parse_seqids -out nt -title "nt"