RoseTTAFoldNA部署

主要流程参考git的官方指导:

https://github.com/uw-ipd/RoseTTAFold2NA

国内部署可以参考:

PSP - 蛋白质与核酸(RNA\DNA)复合物结构预测 RoseTTAFoldNA 算法框架

pyg安装仍然很慢,可以参考:

PyG的安装与基本使用方法

nt数据的下载。采用github介绍的perl脚本下载nt数据会报错。github推荐代码:

update_blastdb.pl --decompress nt

可以用wget或aria2c先将nt.gz下载到本地,再进行建库。

数据地址:ncbi blast nt db数据下载地址

下载及建库代码:

#wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz
aria2c -x 8 -s 4 -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz" --dir="/your/path"

gunzip nt.gz

makeblastdb -in nt -dbtype nucl  -parse_seqids -out nt -title "nt"

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