Guppy从nanopore下机fast5文件中进行basecalling时所需config文件的确定
使用Guppy进行basecalling时需要指定与芯片类型匹配的config文件。所有config文件均在Guppy软件的data文件夹下。如果已知所用芯片型号,则直接选择对应的config即可。可以看到这批数据用的flow cell type是FLO-MIN106,所用的Kit type是SQK-RNA002。因此,所需的config文件是rna_r9.4.1_70bps_hac。运行Guppy时,-c参数后跟后缀为.cfg的文件:rna_r9.4.1_70bps_hac.cfg即可。
原创
2023-06-05 11:26:37 ·
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