nanopolish错误“The fast5 file is compressed with VBZ but the required plugin is not loaded.”的解决方案

运行nanopolish时出现如下错误：

The fast5 file is compressed with VBZ but the required plugin is not loaded. Please read the instructions here: https://github.com/nanoporetech/vbz_compression/issues/5

阅读上述错误提示中提供的链接https://github.com/nanoporetech/vbz_compression/issues/5可以看到，这个错误经常出现。究其原因是nanopore测序仪产生的fast5文件经过了vbz压缩，但我们的服务器缺少处理该压缩的插件。

参考开发者在上述链接中提供的方案，解决如下（以linux x86_64系统为例）：

首先下载与系统对应的plugin安装包（此次下载的是v1.0.1，2022年最新版为v1.0.2）：

wget "https://github.com/nanoporetech/vbz_compression/releases/download/v1.0.1/ont-vbz-hdf-plugin-1.0.1-Linux-x86_64.tar.gz"
mkdir ont_vbz_plugin_v1.0.1
tar -xzvf ont-vbz-hdf-plugin-1.0.1-Linux-x86_64.tar.gz -C ont_vbz_plugin_v1.0.1

将libvbz_hdf_plugin.so文件置于$HOME/.local/hdf5/lib/plugin并配置环境变量：

find ont_vbz_plugin_v1.0.1 -name '*.so' -exec mv -t $HOME/.local/hdf5/lib/plugin {} +

export HDF5_PLUGIN_PATH=$HOME/.local/hdf5/lib/plugin

如若经常使用，可在~/.bashrc文件中添加：

export HDF5_PLUGIN_PATH=$HOME/.local/hdf5/lib/plugin

至此，插件安装完毕，可以正常使用nanopolish软件了。

ps

有一款名为f5c的软件（f5c - An optimised re-implementation of the call-methylation and eventalign modules in Nanopolish）通过GPU加速方式实现nanopolish的 call-methylation和eventalign模块的功能。运行其scripts文件夹下的install-vbz.sh脚本可直接实现上述安装过程，但仅限于linux x86_64和aarch64架构。