tombo resquiggle遇到的多种错误及解决方案

1. fast5文件中没有碱基信息：

[11:21:18] Loading minimap2 reference.
[11:21:18] Getting file list.
******************** ERROR ********************
	Reads do not to contain basecalls. Check --basecall-group option if basecalls are stored in non-standar to add basecalls from FASTQ files to raw FAST5 files.

这种错误是由于没有将碱基信息添加到fast5文件中，或者--basecall-group没有指定。只要事先进行preprocesses annotate_raw_with_fastqs就好了（注意要指定basecall group或者用overwrite）：

tombo  preprocess annotate_raw_with_fastqs \
--fast5-basedir fast5_dir \
--fastq-filenames fastq_dir/*.fastq \
--overwrite --prcesses 4

2. OSError:

Final unsuccessful reads summary (100% reads unsuccessfully processed; 5000 total reads):
100.0% ( 5000 reads) : Cannot read raw signal data (inflate() probably failed)

OSError可能是h5py存在问题、fast5文件出现损伤，检测了很久也没有解决。看到有博客写到重启下电脑，于是退出终端又重新进入，就可以了。推测可能是刚刚装了tombo有些配置需要下一次打开终端生效。

3. 所有序列都没有比对成功：

100% （ 5000 reads） : Alignment not produced

存在一些reads比对不到参考序列很正常，但100%都比对不上就存在问题了。tombo是调用minimap2来进行比对的，所以可以直接运行minimap2将用于preprocesses的fastq文件比对到参考序列，看比对率如何。如果不是序列的问题，那么需要查看minimap2的版本。如果也没问题，那可能是minimap2没有在配置文件中，修改~/.bashrc即可：

vi ~/.bashrc
export PATH=/PATH-TO-MINIMAP2/minimap2:${PATH}

source ~/.bashrc