1. fast5文件中没有碱基信息:
[11:21:18] Loading minimap2 reference.
[11:21:18] Getting file list.
******************** ERROR ********************
Reads do not to contain basecalls. Check --basecall-group option if basecalls are stored in non-standar to add basecalls from FASTQ files to raw FAST5 files.
这种错误是由于没有将碱基信息添加到fast5文件中,或者--basecall-group没有指定。只要事先进行preprocesses annotate_raw_with_fastqs就好了(注意要指定basecall group或者用overwrite):
tombo preprocess annotate_raw_with_fastqs \
--fast5-basedir fast5_dir \
--fastq-filenames fastq_dir/*.fastq \
--overwrite --prcesses 4
2. OSError:
Final unsuccessful reads summary (100% reads unsuccessfully processed; 5000 total reads):
100.0% ( 5000 reads) : Cannot read raw signal data (inflate() probably failed)
OSError可能是h5py存在问题、fast5文件出现损伤,检测了很久也没有解决。看到有博客写到重启下电脑,于是退出终端又重新进入,就可以了。推测可能是刚刚装了tombo有些配置需要下一次打开终端生效。
3. 所有序列都没有比对成功:
100% ( 5000 reads) : Alignment not produced
存在一些reads比对不到参考序列很正常,但100%都比对不上就存在问题了。tombo是调用minimap2来进行比对的,所以可以直接运行minimap2将用于preprocesses的fastq文件比对到参考序列,看比对率如何。如果不是序列的问题,那么需要查看minimap2的版本。如果也没问题,那可能是minimap2没有在配置文件中,修改~/.bashrc即可:
vi ~/.bashrc
export PATH=/PATH-TO-MINIMAP2/minimap2:${PATH}
source ~/.bashrc