fast5
G_P_Liu
这个作者很懒,什么都没留下…
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Guppy从nanopore下机fast5文件中进行basecalling时所需config文件的确定
使用Guppy进行basecalling时需要指定与芯片类型匹配的config文件。所有config文件均在Guppy软件的data文件夹下。如果已知所用芯片型号,则直接选择对应的config即可。可以看到这批数据用的flow cell type是FLO-MIN106,所用的Kit type是SQK-RNA002。因此,所需的config文件是rna_r9.4.1_70bps_hac。运行Guppy时,-c参数后跟后缀为.cfg的文件:rna_r9.4.1_70bps_hac.cfg即可。原创 2023-06-05 11:26:37 · 805 阅读 · 2 评论 -
nanopolish错误“The fast5 file is compressed with VBZ but the required plugin is not loaded.”的解决方案
Nanopolish能够利用Nanopore测序数据实现提升基因组组装草图的质量、检测碱基修饰、检出SNP和indel、分析polyA长度等功能。Nanopore测序仪生成的fast5文件经过了vbz压缩,使得nanopolish的过程中往往遇到无法运行的情况。对此,nanopore团队提供了相应的插件。本文根据相关文档介绍了插件安装过程,供从事三代测序分析的初学者参考。原创 2023-02-27 16:44:58 · 373 阅读 · 1 评论