conda安装Alphafold2

之前打算按照官网的方法安装docker版本的AF2，但是过程实在太艰辛，于是改用conda版本的AF2，使用的是这个https://github.com/kuixu/alphafold.git提供的

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2022.8.10更正一下这个说法，如今安装完回头看，不建议用这个链接，这个链接版本太老，已经完全无法运行，现在推荐另一个conda版本的安装流程。已经下好数据库的数据库不需要大改GitHub - kalininalab/alphafold_non_docker: AlphaFold2 non-docker setup

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# 问题1：error: RPC failed; curl 56 GnuTLS recv error (-54): Error in the pull function.

https://github.com/kuixu/alphafold.git
(base) g@gX12DAi-N6:~$ sudo git clone https://github.com/kuixu/alphafold.git

Cloning into 'alphafold'...
remote: Enumerating objects: 176, done.
remote: Counting objects: 100% (176/176), done.
remote: Compressing objects: 100% (140/140), done.
error: RPC failed; curl 56 GnuTLS recv error (-54): Error in the pull function.
fatal: the remote end hung up unexpectedly
fatal: early EOF
fatal: index-pack failed
 

首先就遇到了一个问题  

error: RPC failed; curl 56 GnuTLS recv error (-54): Error in the pull function.

查到了要运行一段代码解决

git config --global http.postBuffer 20000000
 

再次运行，问题就解决了。

然而我并不明白这是什么原理。。。。有没有懂的可以在留言中不吝赐教TAT

# 问题2：找不到python3.8 

 

 这里红色报错下方表示找不到python3.8因为我装的是pyhon3.9所以需要改一下./install_on_local.sh

# 问题3：ERROR: No matching distribution found for jaxlib==0.1.70+cuda111
 

查了一下，这个貌似就是个命名的问题，下载的时候在原始的数据库jaxlib==0.1.70+cuda111中只能识别jaxlib==0.1.70，也就是改下名重新下载就行

pip install --upgrade jax jaxlib==0.1.70 -f https://storage.googleapis.com/jax-releases/jax_releases.html

# 4.修改/home/AF2_db的权限

常用修改权限的命令：
sudo chmod 600 ××× （只有所有者有读和写的权限）
sudo chmod 644 ××× （所有者有读和写的权限，组用户只有读的权限）
sudo chmod 700 ××× （只有所有者有读和写以及执行的权限）
sudo chmod 666 ××× （每个人都有读和写的权限）
sudo chmod 777 ××× （每个人都有读和写以及执行的权限）
其中xxx表示文件名

# 问题5：aria2c的下载问题

 开始下载脚本之后告诉我没有aria2c下载aria2c后没有这个包，换镜像也不好使

解决：发现包的名称叫aria2。

# 问题6：mmcif下载失败

查看一下download_pdb_mmcif.sh

 之后打开了af2在git上的源下载bash进行对比，明白了中间注释掉的两条指令是为了让我们自己选择一个速度快的下载源,取消其中一部分的注释就可以

在重启任务的时候记得在download_all_data.sh脚本中将之前的下载代码进行注释

# mmcif怎么下载都下载不下来

我真是服了，这就是rsync怎么搞都搞不下来，经常下载到90就断掉

碰到暑假回家，在家没事就挂着远程继续下载，但是问题依然没有解决

直到回到了学校，终于有一次下载成功了

推测可能是和VPN有关

# 运行报错

由于最开始使用了不是很靠谱的源，导致步步都有问题，最后直接更换了另一种下载模式，于是轻松的安装完成

GitHub - kalininalab/alphafold_non_docker: AlphaFold2 non-docker setup

# 血泪教训

1.当你发现下载的时候总出问题，记得关了梯子试试

2.当你发现安装运行的时候步步报错，记得看看自己是不是可以换一个靠谱的源