GenomePixelizer使用总结

Table of Contents

• 1 神灯软件的使用总结（GenomePixelizer)
  • 1.1 运行所需要的文件
  • 1.2 输入文件的格式
  • 1.3 图片的生成
  • 1.4 总结，现在暂时使用的是这些，以后有其他的用处再进行补充。

1 神灯软件的使用总结（GenomePixelizer)

这是一款生物分析类型的软件。从开始到现在我使用到功能只有其中的一 个功能，也就是对染色体上的位置进行分类分析，这里最重要的是对输入格式 以及某些用到功能进行解释。

1.1 运行所需要的文件

我们要对一个物种进行分析，我们需要提供给神灯一个文件。我这里一Yeast 也就是酵母为例子。 在根目录下放入一个Yeast.txt的文件，当然名字你自己随意。 然后里面是我们得到什么样子图的关键。

1. name of file containing gene coordinates: ./sheep/Yeast/GC_all_3.txt
2. name of the distance matrix file: 
3. number of chromosomes: 16
4. size of chromosomes: 20.3 80.1 31.4 152.3 56.8 26.7 106.8 52.5 43.1 72.7 65.8 105.9 91.7 77.2 106.4 94.2  
5. identity upper level: 500
6. identity lower level: 600
7. window size (pixels) X: 10000
8. window size (pixels) Y: 10000
9. html prefix: http://mips.gsf.de/cgi-bin/proj/thal/search_gene?code=
10. Title: a
11. Laboratory: b
########################################################
#####   for experienced users below this line   ########
12. W/C correction: A
13. horizontal size of gene: 10
14. vertical size of gene: 10
15. W/C coefficient: 3
16. W/C correction value: 5
17. chromosome thickness: 4
18. gene feature mode (standard [std] or extended [ext]):  std

我们从上面的文件可以非常明显的看到分为18条，每一点代表这不同的选择，修改后你会得到不同的图。 1.第一点是你画图需要的文件。./表示当前目录，也就是在软件的根目录下，你可以自己新建一个文件 夹，然后把文件放进去，只要修改上面文件的第一行就可以了
2.这个是用来显示两个gene间的相互作用的，也就是在染色体的图上将两个相互作用的gene用直线连接 起来
3.染色体的数目，酵母的是16条

4.每条染色体的大小，你这里可以按照染色体的实际长度，也可以把所有的染色体按照比例进行缩放。
5.这个和2是一体的，两个相互关联的gene之间有相似度的概念，和6相互作用确定上限和下限。

7.这个控制生成图片的大小。这里可以适当的设置的大些，分辨率相应的就会高些。

13.我们最后生成的图片，每一个位置用一个方块表示，horizontal size 控制的是小正方块的宽。

14.控制小正方形的高

15.加入我们在相同的位置，有几个点聚集在一起。那么这个参数控制的就是他们的距离，如果设置为1， 那么两个小方块之间就会靠的非常的紧密，大部分年区域重叠在一起。如果设置的大一些，上下两个小 方块就会有一定的间距。如果相同点的mark比较多最好设置的大一些。

16.这个和上面两个加起来才能控制的更好

17.染色体的粗细程度，这个看大家的喜好

1.2 输入文件的格式

1       1       8.075   W       red     Yeast
1       2       8.7519  C       red     Yeast
1       3       9.2614  W       red     Yeast
1       4       10.8919 C       red     Yeast
1       5       12.4218 W       red     Yeast
1       6       12.9009 C       red     Yeast
1       7       12.9009 W       red     Yeast
1       8       12.9009 C       red     Yeast

这里的第一列是染色体的编号，第二列是所有mark的编号，后面是在染色 体上的位置，当然要和染色体一样，进行同样程度的缩放。然后后面是位点 在染色体的上下的位置，W表示上，C表示下。 这里有一个特别要注意的点： 加入在染色体的同一个位置有8个点，我们必须要把他们放在一起。然后W和C 交替W，不能同时为C或者W，必须交替。假若你都用W想把所有的位点都放到 上面，那么你只能得到4个点。

输入的第二个文件，也就是用来gene之间的相互连接的，格式如下：

1:  YBR160W YKL042W 0.67
2:  YBR160W YDR130C 0.98

上面的文件第一列和第二列是两个相互作用的基因，第三列就是我们上面说的 Identity，只有Identity的数值在我们规定的范围内的才能够在图上显示。

然后附带一个得到上面格式的程序： 我们的输入文件内容如下：

1 1 13 131635 136160 133897.5
1 2 13 131635 136160 133897.5
1 3 18 123717 124719 124218
1 4 2 184396 184397 184396.5
1 5 2 198874 199811 199342.5
  

use strict;
use warnings;

my @information;
my $cout;
my $length;
my (%hash,$key1,$key2,$key3);

open(OUT,">GC_all_3.txt")||die("can not open");
open(IN,"GC_all_2.txt")||die("can not open");
while(<IN>)
{
        chomp;
        @information=split/\s+/,$_;
        $hash{$information[0]}{$information[5]}{$information[1]}="A";
}

foreach $key1 (sort {$a<=>$b} keys %hash)
{
        foreach $key2 (sort {$a<=>$b} keys $hash{$key1})
        {
                $length=$key2/10000;
                foreach $key3 (sort {$a<=>$b} keys $hash{$key1}{$key2})
                {
                        $cout++;
                        if($cout%2==0)
                        {
                                print OUT "$key1\t$cout\t$length\tC\tred\tYeast\n"; 
                        }
                        else
                        {
                                print OUT "$key1\t$cout\t$length\tW\tred\tYeast\n"; 
                        }

                }
        }
}

1.3 图片的生成

最后的图片文件的生成: 图形界面下方，MakePostScript后点击可以生成图片，后面有框可以自定 义图片的名称，生成的是.ps的文件。可以用Photoshop可以进行图片的转换。

1.4 总结，现在暂时使用的是这些，以后有其他的用处再进行补充。

Author: GRC <grc@grc>

Date: 2013-05-31 14:29:24 CST

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1. name of file containing gene coordinates: ./sheep/Yeast/GC_all_3.txt
2. name of the distance matrix file: ./sheep/Yeast/result_3.txt
3. number of chromosomes: 16
4. size of chromosomes: 20.3 80.1 31.4 152.3 56.8 26.7 106.8 52.5 43.1 72.7 65.8 105.9 91.7 77.2 106.4 94.2  
5. identity upper level: 100
6. identity lower level: 50
7. window size (pixels) X: 3000
8. window size (pixels) Y: 3000
9. html prefix: http://mips.gsf.de/cgi-bin/proj/thal/search_gene?code=
10. Title: a
11. Laboratory: b
########################################################
#####   for experienced users below this line   ########
12. W/C correction: A
13. horizontal size of gene: 10
14. vertical size of gene: 10
15. W/C coefficient: 1
16. W/C correction value: 5
17. chromosome thickness: 4
18. gene feature mode (standard [std] or extended [ext]):  std