坐标1-based和0-based

The UCSC Genome Browser Coordinate Counting Systems

“1-start, fully-closed” = coordinates positioned within the web-based UCSC Genome Browser.
“0-start, half-open” = coordinates stored in database tables.

1-base 系统：
序列的第一个碱基是1，区域是一个闭区间，例如第3个到第7个碱基表示为[3,7]。SAM，GFF和WIG格式用的就是1-base坐标系统。

0-base 系统：
序列的第一个碱基是0.在此系统中碱基区域是由半闭半开区间表示的，例如第3个到第7个碱基表示为[2,7）。BAM，BED和PSL格式用的是0-base坐标系统。