【精准还原膜蛋白动态行为：基于 GROMACS 的分子动力学模拟探索】GROMACS 蛋白-配体分子动力学模拟 绘制 RMSD变化图 绘制 RMSF变化图 GROMACS 对膜蛋白进行分子动力学模拟

GROMACS 分子动力学模拟 蛋白-配体分子动力学模拟

简介

在本篇博客中，我将介绍如何使用 GROMACS 进行以下操作：

1. 分子对接 提取最佳结合能的对接结果，然后抽取配体。
2. 安装Linux（Ubuntu | CentOS）版本的Grace、VMD1.9.4 、Gromacs2024.1 CUDA支持的 GPU加速版；
3. 对膜蛋白进行分子动力学模拟
4. VMD查看系统结构文件图像（md.gro）
5. VMD查看轨迹文件图像（md.trr）
6. VMD查看转换后的轨迹图像（traj.pdb）
7. VMD查看能量最小化或平衡阶段的轨迹（em.gro / npt.gro / nvt.gro）
8. VMD分析文件——将 RMSF 数据映射到蛋白质的 B 因子字段，显示结构中柔性较高和较低的区域。
9. Grace 查看蛋白质（或其他分子）随时间变化的均方根位移（RMSD）；
10. Grace 查看分子中每个原子（或特定组分）随时间的均方根波动（RMSF）；
11. Grace 查看能量相关数据，通常包括势能、动能、总能量等（energy.xvg）；
12. Grace 查看模拟过程中压力的变化（pressure.xvg）；
13. Grace 查看模拟过程中的温度数据（temperature.xvg）；
14. Grace 查看体系的密度变化数据（density.xvg）；

这里给出几篇有助于新手了解、安装Gromacs需要知道什么 准备什么的友情链接：

Gromacs 分子动力学 远程安装介绍 全网最详细的Gromacs安装前说明 该怎么选择合适的安装方式 Windows直接可用的Gromacs（预编译版）有什么危害？Gromacs安装需要准备什么？

【分子动力学】 分子动力学新手入门：一文读懂GROMACS使用全流程，轻松开启模拟之旅！ GROMACS初学者了解资料 GROMACS安装之前的准备 windows如何安装Gromacs

本文适用于对分子动力学模拟有基础了解的读者，并重点关注 蛋白-配体复合物 和 膜蛋白 的模拟过程和分析结果展示。

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环境准备

本次软件与工具

• GROMACS2024.1 CUDA 支持的GPU加速版
• 操作系统：Ubuntu22.04
• 绘图工具、蛋白查看： Python 的 Matplotlib 库、Grace、VMD、Pymol3.1 开源版

准备数据文件 —— 分子对接 AutoDock 、 Vina（软件安装可与我联系）

AutoDock分子对接教程 小分子对接 AutoGrid和AutoDock并实现分子对接
分子对接软件（亲测有效）

SailVina 使用教程 Autodock Vina分子对接全套整合软件 MGLTools闪退 作用力分析 MOE 薛定谔 Gromacs 全网最全分子对接教程

AutoDock对接流程 AutoDockTools AutoDock对接总流程 AutoDock Vina
分子对接软件

Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接 分子对接软件 CentOs
Ubuntu系统适用（详细讲解）

AutoDock与Vina的区别 如何选择AutoDOCK与Vina对接 AutoDock对接系列 run
AutoGrid出现[Error 2]从而得不到.map文件 AutoDock安装闪退

• 蛋白-配体复合物的初始结构文件（test.pdb）
• 这里声明一下，对接出来的蛋白，进行模拟是需要拆分受体和配体的。纯对接物，直接给gmx 力场使用是会报错的哦！
  分子对接过程后，筛选出结合能最低（即结合稳定性最高）的对接构象，然后将该构象的蛋白和配体整合成一个文件，保存为包含两者的 .pdb 格式文件；会用到Pymol可视化对接结果。

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检查对接产生的结果文件是否符合Gromacs模拟的要求

• 检查PDB 文件的命名规则是否符合 GROMACS 使用的力场标准。

发现缺失原子：则需要修复缺失的原子
方法 1：使用 PyMOL 打开 test.pdb 文件：进行调整。接着使用 Mutagenesis 工具补全残基缺失的原子。

方法 2：使用 SwissSidechain SwissSidechain 是一个在线工具，可修复非标准残基和补全原子。

• 使用 pdb4amber 工具规范化 PDB 文件

使用标准化后的文件才能运行 gmx pdb2gmx

使用Groamcs处理模拟之前PDB文件，并进行MD模拟 核心命令 思路顺序

这里展示下我的配体：

1. gmx pdb2gmx：将 PDB 文件转化为 GROMACS 格式，生成初始的结构和拓扑文件

2. gmx editconf： 定义盒子的大小和形状，设置为立方体盒子，边界距离 1.0 nm

3. gmx solvate： 在盒子中添加溶剂分子，使用 spc216.gro 作为溶剂配置

4. gmx grompp： 准备离子添加的输入文件

5. gmx genion：添加离子并中和体系，使用 NA 和 CL 作为离子类型

6. gmx grompp： 准备能量最小化的输入文件

这里需要自己查询官网文档：准备minim.mdp文件
这里提供一个例子：

integrator    = steep
emtol         = 1000.0
emstep        = 0.01
nsteps        = 50000
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.0
rvdw          = 1.0
pbc           = xyz

7. gmx mdrun： 执行能量最小化，启用GPU 加速

8. gmx energy： 提取能量最小化的势能数据

9. gmx grompp： 准备 NVT 平衡的输入文件

10. gmx mdrun： 执行 NVT 平衡模拟 启用GPU 加速

11. gmx energy： 提取 NVT 平衡过程中的温度数据

12. gmx grompp ：准备 NPT 平衡的输入文件

13. gmx mdrun ：执行 NPT 平衡模拟 启用GPU 加速

14. gmx energy ： 提取 NPT 平衡过程中的压力和密度数据

gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg
gmx energy -f npt.edr -o density.xvg

15. gmx grompp ：准备生产模拟的输入文件

这里需要自己查询官网文档：准备md.mdp文件
这里提供一个例子：

integrator    = md
nsteps        = 5000000      ; 模拟 10 ns
dt            = 0.002        ; 时间步长 2 fs
nstxout       = 5000         ; 每 10 ps 输出坐标
nstvout       = 5000         ; 每 10 ps 输出速度
nstenergy     = 5000         ; 每 10 ps 输出能量
nstlog        = 5000         ; 每 10 ps 输出日志
continuation  = yes
constraint_algorithm = lincs
constraints   = all-bonds
cutoff-scheme = Verlet
tcoupl        = V-rescale
tc-grps       = System
tau_t         = 0.1
ref_t         = 300
pcoupl        = Parrinello-Rahman
pcoupltype    = isotropic
tau_p         = 2.0
ref_p         = 1.0
compressibility = 4.5e-5

16. gmx mdrun ：执行最终的生产模拟 启用GPU 加速

gmx mdrun -deffnm md -gpu_id 0

分析并提取模拟结果

1. 提取轨迹为 PDB 格式，用于可视化

gmx trjconv -s md.tpr -f md.trr -o traj.pdb

2. 计算 RMSD，分析体系稳定性

gmx rms -s md.tpr -f md.trr -o rmsd.xvg

3. 计算 RMSF，分析分子柔性

gmx rmsf -s md.tpr -f md.trr -o rmsf.xvg

4. 提取能量数据，分析体系的总能量变化

gmx energy -f md.edr -o energy.xvg 

VMD可视化和结果展示

1. 系统结构文件
   文件：md.gro
   内容：生产模拟结束时的最终系统结构，包括蛋白、溶剂、离子等。
   用途：查看最终结构，检查模拟是否合理，如溶剂分布、蛋白质构象等。
   
   
2. 轨迹文件
   文件：md.trr
   内容：生产模拟的完整轨迹数据，包括所有时间帧的原子坐标。
   用途：以动画形式观察分子运动，如蛋白质折叠、构象变化、溶剂和离子的运动等。

这里实际是一个可播放的动画，描述轨迹运动，这里只做截图展示。

1. 能量最小化或平衡阶段的轨迹
   文件：em.gro / npt.gro / nvt.gro
   内容：模拟不同阶段（能量最小化、NVT、NPT 平衡）的最终结构。
   用途：比较不同阶段的系统结构变化，例如溶剂填充是否完整、蛋白质构象是否合理。
   em.gro：
   
   4.观察溶剂分布和离子排布：
   加载 md.gro 和 md.trr，观察溶剂与蛋白的相互作用。
   

Grace可视化和结果展示

1. RMSD （rmsd.xvg）

文件内容：包含了蛋白质（或其他分子）随时间变化的均方根位移（RMSD）。
图形展示：会显示模拟过程中分子结构的稳定性。RMSD 越小表示结构越稳定，波动较大时则可能表示系统正在经历过渡或不稳定状态。

2.RMSF （rmsf.xvg）
文件内容：包含了分子中每个原子（或特定组分）随时间的均方根波动（RMSF）。
图形展示：显示各个原子或残基的波动程度，波动较大的区域通常代表灵活或有较大运动范围的区域，如侧链、环结构等。

3. energy.xvg： 文件内容：包含了能量相关数据，通常包括势能、动能、总能量等。
   图形展示：帮助你监控模拟过程中的能量变化，判断系统是否达到平衡态。例如，能量波动较大可能表示系统尚未平衡。

   

4. pressure.xvg： 文件内容：包含了模拟过程中压力的变化。
   图形展示：你可以查看压力如何随着时间变化，通常用于分析体系是否达到了平衡状态。如果压力波动较大，可能意味着模拟还没有达到稳定状态。
   

5. temperature.xvg： 文件内容：包含了模拟过程中的温度数据。
   图形展示：用来查看模拟过程中温度的变化。如果温度波动较大，可能表示系统没有达到热平衡。
   

6. density.xvg： 文件内容：包含了体系的密度变化数据。
   图形展示：显示模拟过程中的密度变化。密度的变化可能与溶剂化、压缩、扩张等有关。
   

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结论

1. 模拟结果显示膜蛋白在水溶液中的稳定性良好，其结构变化与柔性特性符合生物学特性。
2. 能量、温度、压力等参数的稳定表明体系构建合理，模拟流程成功完成。
3. 使用 RMSD 和 RMSF等分析指标能够有效评估膜蛋白的构象变化，为后续的功能研究提供支持。
4. 可视化工具（如 VMD 和Grace）直观展示了膜蛋白的动力学行为和轨迹数据，增强了对体系的理解。

通过本次模拟，展示了 GROMACS 在膜蛋白分子动力学模拟中的完整流程，并获得了一套可靠的分析方法和结果展示。如果有更多深入的研究需求，可以与我联系一起探究。

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与我联系——解决AutoDock对接报错以及闪退，提供对接教学服务。

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