蛋白质生物学：从序列到结构和疾病显示1LZC中配体在3.5 Å范围内的所有残基标记这些残基并识别与配体形成氢键的特定原子(提交图像)。确定任何疏水相互作用并解释涉及哪些残基? （已解决）

蛋白质生物学：从序列到结构和疾病

        Show all the residues within 3.5 Å of the ligand in 1LZC? Label these residues and identify the specific atoms that form H-bonds with the ligand (submit an image). Identify any hydrophobic interactions and explain which residues are involved? (20 marks)

同译：

        显示 1LZC 中配体 3.5 Å 范围内的所有残基？标出这些残基并确定与配体形成 H 键的特定原子（提交图像）。找出任何疏水作用，并解释涉及哪些残基？(20 分）

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下面给出完整详细的解答：

这是距离配体NAG 3.5 A以内的所有残基，并标记它们的残基编号和类型。同时，这些残基与配体之间的氢键也被显示出来：

1. 距离配体NAG 3.5 Å内的残基 在图像中，距离配体NAG 3.5 Å内的残基已被高亮显示并标记。识别出的残基包括：

   • GLU35
   • ASN46
   • ASP52
   • GLN57
   • ASN59
   • TRP62
   • TRP63
   • LEU75
   • TRP108

2. 这些残基的标记 在图像中，这些残基已用其残基名称和编号进行了标记。标记清晰可见，位于每个对应残基的旁边。

3. 与配体形成氢键的特定原子的识别 从图像中可以看到，与配体NAG形成氢键的特定原子以黄色虚线显示，表示氢键。距离也已标注，显示了具体的相互作用。以下是识别出的关键氢键：

   • GLU35（OE1和OE2）与NAG1的氢键
     • 距离：3.2 Å
   • ASP52（OD1和OD2）与NAG1的氢键
     • 距离：3.0 Å
   • GLN57（NE2）与NAG1的氢键
     • 距离：3.8 Å
   • ASN59（ND2）与NAG1的氢键
     • 距离：3.0 Å
   • TRP63（NE1）与NAG3的氢键
     • 距离：3.3 Å
   • TRP108（NE1）与NAG3的氢键
     • 距离：2.8 Å

4. 疏水相互作用的识别 疏水相互作用通常发生在非极性残基和配体之间。在图像中，可以从非极性残基与配体的紧密接触中推断出疏水相互作用。以下残基可能与配体发生疏水相互作用：

   • TRP62和TRP63
     • 这两个色氨酸残基有大的非极性吲哚侧链，可以与配体发生疏水相互作用。
   • LEU75
     • 亮氨酸具有非极性侧链，可以促进与配体的疏水相互作用。

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总结

距离配体3.5 Å内的残基：

• GLU35
• ASN46
• ASP52
• GLN57
• ASN59
• TRP62
• TRP63
• LEU75
• TRP108

识别出的氢键：

• GLU35（OE1和OE2）与NAG1
• ASP52（OD1和OD2）与NAG1
• GLN57（NE2）与NAG1
• ASN59（ND2）与NAG1
• TRP63（NE1）与NAG3
• TRP108（NE1）与NAG3

疏水相互作用：

• TRP62
• TRP63
• LEU75

提供的图像有效地展示了距离配体3.5 Å内的残基，标记了这些残基，并识别了与配体形成氢键的特定原子。疏水相互作用是基于相关残基的接近性和性质推断出来的。