py-wsi 项目使用教程

py-wsi 项目使用教程

py-wsiPython package for dealing with whole slide images (.svs) for machine learning, particularly for fast prototyping. Includes patch sampling and storing using OpenSlide. Patches may be stored in LMDB, HDF5 files, or to disk. It is highly recommended to fork and download this repository so that personal customisations can be made for your work.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/py-wsi

1. 项目的目录结构及介绍

py-wsi 项目的目录结构如下：

py-wsi/
├── LICENSE
├── README.md
├── README.rst
├── Using py-wsi.ipynb
├── XML Tests.ipynb
├── changes.txt
├── convert_readme.py
├── setup.py
└── py_wsi/
    ├── __init__.py
    ├── core.py
    ├── utils.py
    └── ...

目录介绍

• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md 和 README.rst: 项目说明文档。
• Using py-wsi.ipynb: Jupyter Notebook 示例文件，展示如何使用 py-wsi。
• XML Tests.ipynb: 用于测试 XML 文件的 Jupyter Notebook。
• changes.txt: 项目变更记录。
• convert_readme.py: 用于转换 README 文件的脚本。
• setup.py: 项目安装脚本。
• py_wsi/: 项目的主要代码目录，包含核心功能和工具函数。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 setup.py，它负责项目的安装和配置。通过运行以下命令可以安装 py-wsi：

pip install .

3. 项目的配置文件介绍

py-wsi 项目没有明确的配置文件，但可以通过修改 setup.py 文件中的参数来配置项目。此外，项目的一些配置可以通过 Using py-wsi.ipynb 中的示例代码进行调整。

示例配置

在 Using py-wsi.ipynb 中，可以找到如下配置示例：

# 配置示例
from py_wsi import WSIProcessor

processor = WSIProcessor(
    image_path='path/to/image.svs',
    annotation_path='path/to/annotation.xml',
    output_dir='path/to/output',
    patch_size=256,
    overlap=16
)

processor.process()

通过修改这些参数，可以调整图像路径、注释文件路径、输出目录、补丁大小和重叠区域等配置。

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以上是 py-wsi 项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 py-wsi 项目。

py-wsiPython package for dealing with whole slide images (.svs) for machine learning, particularly for fast prototyping. Includes patch sampling and storing using OpenSlide. Patches may be stored in LMDB, HDF5 files, or to disk. It is highly recommended to fork and download this repository so that personal customisations can be made for your work.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/py-wsi