P2Rank 项目常见问题解决方案

P2Rank 项目常见问题解决方案

p2rank P2Rank: Protein-ligand binding site prediction tool based on machine learning. Stand-alone command line program / Java library for predicting ligand binding pockets from protein structure. p2rank 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/p2/p2rank

1. 项目基础介绍和主要编程语言

P2Rank 是一个开源项目,旨在通过机器学习技术,从蛋白质结构中快速、准确地预测配体结合位点。该项目基于已知的蛋白质-配体复合物数据集,使用机器学习模型训练,对蛋白质表面的溶剂可及区域进行打分和聚类,从而预测可能的结合位点。项目主要以 Java 语言开发,同时也涉及一些 Python 脚本用于数据处理和模型训练。

2. 新手常见问题及解决步骤

问题一:如何安装和运行 P2Rank?

解决步骤:

  1. 确保系统已安装 Java 17 到 23 版本。
  2. 从 GitHub 下载 P2Rank 的二进制包或源代码。
  3. 如果下载源代码,需要编译源代码。可以使用 gradle build 命令进行编译。
  4. 编译完成后,使用命令行工具运行 prank predict -f test_data/1fbl.pdb 进行预测。

问题二:如何在项目中添加自己的蛋白质结构数据?

解决步骤:

  1. 准备蛋白质结构的 PDB 文件。
  2. 将 PDB 文件放置在项目指定的测试数据目录下。
  3. 使用 prank predict -f test_data/your_pdb_file.pdb 命令进行预测。

问题三:如何解读 P2Rank 的预测结果?

解决步骤:

  1. P2Rank 预测结果会输出一系列可能的结合位点。
  2. 结果通常包括结合位点的坐标、打分等信息。
  3. 可以使用 PyMOL 或 ChimeraX 等可视化工具加载预测结果,直观查看结合位点在蛋白质结构中的位置。

通过以上步骤,新手用户可以顺利安装和运行 P2Rank,添加自己的数据,并解读预测结果。

p2rank P2Rank: Protein-ligand binding site prediction tool based on machine learning. Stand-alone command line program / Java library for predicting ligand binding pockets from protein structure. p2rank 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/p2/p2rank

创作声明:本文部分内容由AI辅助生成(AIGC),仅供参考

### 使用 ADB 查看手机 CPU 和内存占用的方法 #### 1. 查询 CPU 占用情况 可以通过 `adb shell top` 或者 `adb shell dumpsys cpuinfo` 命令来获取 Android 设备上各个进程的 CPU 占用情况。 - **`adb shell top`**: 这是一个实时显示设备上运行进程及其资源消耗的工具。可以加上参数 `-m` 来限制显示的进程数量,或者使用 `-n` 参数指定刷新次数[^1]。 ```bash adb shell top -m 10 -d 1 ``` 上述命令会每秒更新一次前十个最耗 CPU 的进程列表。 - **`adb shell dumpsys cpuinfo`**: 此命令提供了一个更详细的 CPU 资源分配视图,包括每个应用程序所占的比例[^3]。 ```bash adb shell dumpsys cpuinfo ``` 此命令返回的结果包含了系统整体的 CPU 利用率以及各应用的具体占比。 #### 2. 查询内存占用情况 对于内存使用的统计,主要依赖于两个命令:`adb shell dumpsys meminfo` 和 `adb shell procrank`(部分机型支持)。 - **`adb shell dumpsys meminfo`**: 可以用来查看整个系统的内存状态或者是特定包名的应用程序的内存详情。 针对某个具体应用: ```bash adb shell dumpsys meminfo com.example.app ``` 如果想了解全局内存状况,则可以直接执行该命令而无需附加任何额外选项。 - **`adb shell procrank`**: 如果目标设备支持这个指令的话,它能够快速给出按需排序后的进程清单连同它们各自的 RAM 消费量一起呈现出来。 ```bash adb shell procrank ``` 以上方法可以帮助开发者有效地监测并诊断其开发中的移动应用程序是否存在潜在性能瓶颈问题。 #### 3. 获取网络流量数据 除了 CPU 和内存之外,有时也需要关注应用产生的网络活动。这里介绍一种方式用于读取 TCP 发送与接收的数据字节数目。 - **TCP 流量** 利用 `/proc/uid_stat/<UID>/tcp_rcv` 和 `/proc/uid_stat/<UID>/tcp_snd` 文件路径下的数值代表对应 UID 应用分别接收到和发送出去的数据大小单位为字节(Byte)[^2]。 例如要获得 uid=10149 关联的所有 tcp 接收数据总量: ```bash adb shell cat /proc/uid_stat/10149/tcp_rcv ``` 同样地, 对应发送端操作如下所示: ```bash adb shell cat /proc/uid_stat/10149/tcp_snd ``` 注意替换实际存在的有效 UID 编号进去才能得到有意义的结果. ---
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