P2Rank网页端:预测蛋白结合口袋+vina分子对接

P2Rank 是一种基于机器学习的蛋白质口袋预测工具,用于识别蛋白质结构中的潜在配体结合位点。它采用了一种基于物理特征的打分方法,结合随机森林(Random Forest)机器学习模型,以提高口袋预测的精确度。

该程序有在线工具,非常方便,而且网页端的工具将预测的口袋和vina分子对接联合,方便了后续的操作。

网页地址:https://prankweb.cz/

使用流程(文字版)

1.上传受体蛋白文件

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2.查看预测的pocket

Image

 


为了便于查看可以更改为球棍模型:

Image

 

如果你不知道选择哪个pocket,那么无脑选择排序第一个(红色)的就行了。

3. 计算pocket的空间大小

Image

 

图片中编号②可以自己选择已经预测得到的口袋编号。

4. 执行vina分子对接

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配体分子的SMILE式获取方式可以参考本期的操作视频(上方)。

5. 本地分析对接结果

你可以点击上方的结果链接下载文件到本地用pymol分析

Image

 

用pymol打开structure.pdbqt,out_vina.pdbqt:

Image

 

6.在线分析对接结果

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点击上图的小眼睛,跳转分析页面:

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