DeePMD-kit 开源项目教程

DeePMD-kit 开源项目教程

deepmd-kitA deep learning package for many-body potential energy representation and molecular dynamics项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/de/deepmd-kit

项目介绍

DeePMD-kit 是一个用 Python 和 C++ 编写的软件包，旨在简化构建基于深度学习的原子间势能和力场的模型，并执行分子动力学（MD）模拟的过程。该项目通过与 TensorFlow 等高性能 MD 和量子（路径积分）MD 包的接口，实现了高度自动化和高效的训练过程。DeePMD-kit 实现了 Deep Potential 系列模型，这些模型已成功应用于有限和扩展系统，包括有机分子、金属、半导体和绝缘体等。

项目快速启动

安装

DeePMD-kit 可以通过多种方式安装，以下是使用 pip 安装 Python 接口的示例：

pip install deepmd-kit

快速启动示例

以下是一个简单的示例，展示如何使用 DeePMD-kit 进行模型训练：

import deepmd
from deepmd.train import train
from deepmd.data import DataSystem

# 准备数据
data = DataSystem(systems=['path/to/data'], set_prefix='set')

# 定义模型参数
model_params = {
    'descriptor': {
        'type': 'se_a',
        'rcut_smth': 5.80,
        'rcut': 6.00,
        'sel': [46, 92],
        'neuron': [25, 50, 100],
        'axis_neuron': 16,
        'resnet_dt': False,
        'type_one_side': True,
        'exclude_types': [[0, 0]],
        'set_davg_zero': True
    },
    'fitting_net': {
        'neuron': [240, 240, 240],
        'resnet_dt': True,
        'type_fitting_net': True,
        'exclude_types': [[0, 0]],
        'set_davg_zero': True
    }
}

# 训练模型
train(data, model_params)

应用案例和最佳实践

DeePMD-kit 已被广泛应用于多个领域，包括：

• 有限分子系统：通过深度学习模型预测分子间的相互作用力。
• 扩展系统：如金属、半导体和绝缘体等，用于模拟材料的热力学性质。
• 高性能计算：通过 MPI 和 GPU 支持，实现高效的并行和分布式计算。

最佳实践包括：

• 数据准备：确保数据集的质量和多样性，以提高模型的泛化能力。
• 模型调优：根据具体应用调整模型参数，以达到最佳性能。
• 并行计算：利用 MPI 和 GPU 加速训练过程，提高计算效率。

典型生态项目

DeePMD-kit 与其他多个项目紧密集成，形成了一个丰富的生态系统，包括：

• LAMMPS：一个广泛使用的分子动力学模拟软件，DeePMD-kit 提供了与其集成的模块。
• i-PI：一个用于路径积分分子动力学的软件包，DeePMD-kit 也提供了相应的接口。
• ABACUS：一个用于材料模拟的软件包，DeePMD-kit 与其集成，扩展了应用范围。

这些项目的集成使得 DeePMD-kit 在多个领域都能发挥重要作用，为用户提供了全面的解决方案。

deepmd-kitA deep learning package for many-body potential energy representation and molecular dynamics项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/de/deepmd-kit