大家好,我是小马老师。
本文介绍深度势能(DeepMD)的软件安装方法。
lammps模拟必须有势函数支持,如果找不到势函数,模拟将无法继续。
DeepMD基于机器学习的方法可以训练自己需要的势函数,解决了没有势函数的难题,详细的原理后面会陆续介绍。
训练势函数主要使用DeepMD-kit,因此,本文主要介绍ubuntu系统下DeepMD-kit的安装。
DeepMD官网给出了三种安装方式:离线、conda、docker。
下面主要介绍使用conda安装DeepMD-kit。
首先,需要安装conda软件,如果已经安装conda,可以直接跳到第2步。
(1)conda安装
conda发行版本有很多,常用的有anaconda,miniconda等。
以anaconda安装为例,先到官网或者到下面网址下载安装包:
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
下载完成后,复制到ubuntu的某个目录,使用cd命令进入到这个目录,运行安装命令
bash Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh
安装完成后,打开.bashrc文件,添加环境变量
vim ~/.bashrc
在.bashrc最后一行添加环境变量,注意,sunny要改成自己的用户名
export PATH="/home/sunny/anaconda3/bin:$PATH"
运行source命令,使环境变量生效
source ~/.bashrc
完成以上步骤后,可运行以下命令测试是否安装成功。
conda --version
如果显示conda版本号,表示已经成功安装conda,下面开始安装DeepMD-kit。
(2)DeepMD-kit安装
DeepMD-kit有CPU和GPU两个版本,根据自己需求选择对应的版本:
在控制台输入对应的命令后会自动下载安装,安装过程会下载各种支持软件包,时间相对较长,耐心等待安装完成。
CPU版本:
(base)$ conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*cpu libdeepmd=*=*cpu lammps -c https://conda.deepmodeling.org
GPU版本:
(base)$ conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*gpu libdeepmd=*=*gpu lammps cudatoolkit=11.3 horovod -c https://conda.deepmodeling.org
安装完成后,激活DeepMD环境
conda activate deepmd
左侧的(base)转变为(deepmd),表示已经成功进入DeepMD环境,可以进行深度势能训练了。
公众号:lammps加油站