lammps势函数训练软件:深度势能DeepMD-kit安装方法

大家好,我是小马老师。

本文介绍深度势能(DeepMD)的软件安装方法。

lammps模拟必须有势函数支持,如果找不到势函数,模拟将无法继续。

DeepMD基于机器学习的方法可以训练自己需要的势函数,解决了没有势函数的难题,详细的原理后面会陆续介绍。

训练势函数主要使用DeepMD-kit,因此,本文主要介绍ubuntu系统下DeepMD-kit的安装。

DeepMD官网给出了三种安装方式:离线、conda、docker。

下面主要介绍使用conda安装DeepMD-kit。

首先,需要安装conda软件,如果已经安装conda,可以直接跳到第2步。

(1)conda安装
conda发行版本有很多,常用的有anaconda,miniconda等。
以anaconda安装为例,先到官网或者到下面网址下载安装包:

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/

在这里插入图片描述

下载完成后,复制到ubuntu的某个目录,使用cd命令进入到这个目录,运行安装命令

bash Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh

安装完成后,打开.bashrc文件,添加环境变量

vim ~/.bashrc

在.bashrc最后一行添加环境变量,注意,sunny要改成自己的用户名

export PATH="/home/sunny/anaconda3/bin:$PATH"

运行source命令,使环境变量生效

source ~/.bashrc

完成以上步骤后,可运行以下命令测试是否安装成功。

conda --version

在这里插入图片描述

如果显示conda版本号,表示已经成功安装conda,下面开始安装DeepMD-kit。
(2)DeepMD-kit安装
DeepMD-kit有CPU和GPU两个版本,根据自己需求选择对应的版本:
在控制台输入对应的命令后会自动下载安装,安装过程会下载各种支持软件包,时间相对较长,耐心等待安装完成。
在这里插入图片描述

CPU版本:

(base)$ conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*cpu libdeepmd=*=*cpu lammps -c https://conda.deepmodeling.org

GPU版本:

(base)$ conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*gpu libdeepmd=*=*gpu lammps cudatoolkit=11.3 horovod -c https://conda.deepmodeling.org

安装完成后,激活DeepMD环境

conda activate deepmd

在这里插入图片描述

左侧的(base)转变为(deepmd),表示已经成功进入DeepMD环境,可以进行深度势能训练了。
在这里插入图片描述
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深度场(DeepMD)与LAMMPS的集成需要一些步骤来进行安装。以下是安装DeepMDLAMMPS的一般步骤: 1. 安装LAMMPS:首先,您需要安装LAMMPS分子动力学软件。您可以从LAMMPS官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载源代码,并按照官方提供的指导进行编译和安装。 2. 安装DeepMD-kitDeepMD-kit是一个用于构建深度学习场模型的工具包。您可以从DeepMD-kit的GitHub页面(https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit)获取源代码。按照README文件中的指导进行安装。 3. 配置LAMMPSDeepMD-kit:在安装完成后,您需要将DeepMD-kitLAMMPS集成。为此,您可以使用LAMMPS的“USER-DEEPMD软件包。进入LAMMPS源代码目录,找到“src”文件夹下的“MAKE”文件。在该文件中,您需要取消注释或添加以下行来启用“USER-DEEPMD软件包: ``` # USER-DEEPMD package package user-deepmd deepmd ``` 保存并关闭文件,然后按照LAMMPS官方文档提供的指导重新编译和安装LAMMPS。 4. 配置DeepMD-kit:接下来,您需要在DeepMD-kit中配置DeepMD-LAMMPS插件。进入DeepMD-kit源代码目录,找到“examples”文件夹下的“lammps”文件夹。将其中的“liblammps_deepmd.so”和“deepmd”文件夹复制到LAMMPS安装目录下的“lib”文件夹中。 5. 测试安装:完成上述步骤后,您可以使用LAMMPS运行包含DeepMD场的模拟。您可以参考LAMMPSDeepMD-kit的文档和示例来深入了解如何配置和运行模拟。 请注意,以上步骤只是一般指导,具体安装过程可能因操作系统、编译环境和软件版本而有所不同。在安装过程中,请仔细阅读相关文档并遵循官方指南。

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