DeepMD-kit Ubuntu 安装

1.背景

DeePMD-kit是一种基于机器学习的分子动力学模拟方法，该方法是通过使用从头计算得到的数据对深度神经网络模型进行训练，从而得到通用的多体势能模型（DP模型）。最近自己也在学习这个，安装上遇到了一些问题，避免大家踩坑，下面给出相关建议。

2.操作流程

本案例是在Ubuntu18.04 64位系统下安装 。用anaconda 进行环境的管理和相关安装。

1.下载和安装Anaconda。

Free Download | Anacondahttps://www.anaconda.com/download#downloads

2. 安装TensorFlow。这里特别要注意 TensorFlow和python版本的一致性。本例安装的是tensorflow_cpu==2.5.0 和python 3.8 。

a:conda 创建TensorFlow环境并在该环境中安装python3.8。 

conda create -n tensorflow python=3.8

查看环境并打开tensorflow环境

conda env list

conda activate tensorflow

用pip 安装tensorflow_cpu==2.5.0

pip install tensorflow_cpu==2.5.0

3.安装deepmd-kit，这里安装离线版集成好了的deepmd-kit。

Releases · deepmodeling/deepmd-kit (github.com)https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit/releases

在终端输入以下命令进行安装。

bash ******.sh

4.测试是否安装好。

终端输入：dp --h . 出现 usage的相关命令，则安装成功

              再输入 lmp --h. 出现 usage的相关命令。则安装成功

 运行案例，命令如下。

1.单核调用：lammps：lmp -i  in.lammps

  多核调用lammps：mpirun -np 2 lmp -i  in.lammps

2.单核训练模型：dp train input.json

  多核训练模型： mpirun -np 2 dp train input.json

如有问题可以联系我。

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