VirSorter使用教程

VirSorter使用教程

VirSorterSource code of the VirSorter tool, also available as an App on CyVerse/iVirus (https://de.iplantcollaborative.org/de/)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/vi/VirSorter

一、项目目录结构及介绍

VirSorter/
├── README.md           # 项目说明文档
├── LICENSE             # 许可证文件
├── requirements.txt    # 依赖库列表
├── virsorter.py        # 主程序文件
├── data/               # 数据文件夹，存放预处理数据或示例数据
│   └── ...
├── config.ini          # 配置文件
├── scripts/            # 辅助脚本集合
│   ├── preprocess.sh   # 数据预处理脚本（示例）
│   └── ...
└── tests/              # 测试案例和相关脚本
    └── ...

• README.md：包含了项目的简介、安装步骤、快速使用指南等关键信息。
• LICENSE：定义了软件使用的许可条款。
• requirements.txt：列出运行此项目所需的所有Python第三方库。
• virsorter.py：核心脚本，执行主要功能的入口点。
• data/：存储项目相关的数据或示例数据集。
• config.ini：项目的核心配置文件。
• scripts/：存放用于辅助操作的脚本文件，如数据预处理等。
• tests/：项目测试代码，确保代码质量。

二、项目的启动文件介绍

virsorter.py

virsorter.py是项目的主程序文件。它负责调用内部逻辑与外部资源来实现病毒排序的核心功能。启动项目时，通常通过命令行直接执行这个脚本，伴随着特定参数和配置文件路径，如：

python virsorter.py -c path/to/config.ini [其他选项]

其中 -c 参数指定配置文件的位置，允许用户自定义运行时的行为。

三、项目的配置文件介绍

config.ini

配置文件config.ini是VirSorter定制化运行的关键，通常包括但不限于以下几大类设置：

• 基本设置: 如输出目录路径 (output_dir)，日志级别 (log_level) 等。
• 算法参数: 涉及到算法具体运行的细节调整，例如阈值、模型选择等。
• 数据库连接: 如果项目中涉及数据库交互，这里会设置访问数据库的信息。
• 环境配置: 包括必要的路径指向，第三方服务API密钥等。

一个典型的配置文件结构可能如下所示：

[General]
output_dir = ./results
log_level = INFO

[Algorithm]
threshold = 0.95
model_path = models/virsorter_model.h5

[Database]
host = localhost
port = 5432
username = your_username
password = your_password
database = virsorter_db

确保在使用前根据实际需求调整这些配置项，以保证VirSorter能够正确且高效地运行。

VirSorterSource code of the VirSorter tool, also available as an App on CyVerse/iVirus (https://de.iplantcollaborative.org/de/)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/vi/VirSorter