VirSorter使用教程
一、项目目录结构及介绍
VirSorter/
├── README.md # 项目说明文档
├── LICENSE # 许可证文件
├── requirements.txt # 依赖库列表
├── virsorter.py # 主程序文件
├── data/ # 数据文件夹,存放预处理数据或示例数据
│ └── ...
├── config.ini # 配置文件
├── scripts/ # 辅助脚本集合
│ ├── preprocess.sh # 数据预处理脚本(示例)
│ └── ...
└── tests/ # 测试案例和相关脚本
└── ...
- README.md:包含了项目的简介、安装步骤、快速使用指南等关键信息。
- LICENSE:定义了软件使用的许可条款。
- requirements.txt:列出运行此项目所需的所有Python第三方库。
- virsorter.py:核心脚本,执行主要功能的入口点。
- data/:存储项目相关的数据或示例数据集。
- config.ini:项目的核心配置文件。
- scripts/:存放用于辅助操作的脚本文件,如数据预处理等。
- tests/:项目测试代码,确保代码质量。
二、项目的启动文件介绍
virsorter.py
virsorter.py
是项目的主程序文件。它负责调用内部逻辑与外部资源来实现病毒排序的核心功能。启动项目时,通常通过命令行直接执行这个脚本,伴随着特定参数和配置文件路径,如:
python virsorter.py -c path/to/config.ini [其他选项]
其中 -c
参数指定配置文件的位置,允许用户自定义运行时的行为。
三、项目的配置文件介绍
config.ini
配置文件config.ini
是VirSorter定制化运行的关键,通常包括但不限于以下几大类设置:
- 基本设置: 如输出目录路径 (
output_dir
),日志级别 (log_level
) 等。 - 算法参数: 涉及到算法具体运行的细节调整,例如阈值、模型选择等。
- 数据库连接: 如果项目中涉及数据库交互,这里会设置访问数据库的信息。
- 环境配置: 包括必要的路径指向,第三方服务API密钥等。
一个典型的配置文件结构可能如下所示:
[General]
output_dir = ./results
log_level = INFO
[Algorithm]
threshold = 0.95
model_path = models/virsorter_model.h5
[Database]
host = localhost
port = 5432
username = your_username
password = your_password
database = virsorter_db
确保在使用前根据实际需求调整这些配置项,以保证VirSorter能够正确且高效地运行。