Mothur 项目安装与使用教程

Mothur 项目安装与使用教程

mothur Welcome to the mothur project, initiated by Dr. Patrick Schloss and his software development team in the Department of Microbiology & Immunology at The University of Michigan. This project seeks to develop a single piece of open-source, expandable software to fill the bioinformatics needs of the microbial ecology community. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/mothur

1. 项目目录结构及介绍

Mothur 项目的目录结构如下：

mothur/
├── CITATION.md
├── External_Libraries_INSTALL
├── INSTALL.md
├── LICENSE.md
├── Makefile
├── Makefile-Windows
├── Makefile_cluster
├── README.md
├── Ubuntu_20_Build.txt
├── bugs_issue_template.md
├── makefile-internal
├── mothur_resources_14.6
├── sources
├── TestBatches
├── TestMothur
├── Products
│   └── Debug
└── mothur.xcodeproj

目录结构介绍

• CITATION.md: 项目引用文件，说明如何引用 Mothur 项目。
• External_Libraries_INSTALL: 外部库的安装文件。
• INSTALL.md: 安装指南文件。
• LICENSE.md: 项目许可证文件，Mothur 使用 GPL-3.0 许可证。
• Makefile: 项目的 Makefile 文件，用于编译和构建项目。
• Makefile-Windows: 适用于 Windows 系统的 Makefile 文件。
• Makefile_cluster: 适用于集群环境的 Makefile 文件。
• README.md: 项目的主 README 文件，包含项目的基本介绍和使用说明。
• Ubuntu_20_Build.txt: 适用于 Ubuntu 20.04 的构建说明文件。
• bugs_issue_template.md: 提交 bug 报告的模板文件。
• makefile-internal: 内部 Makefile 文件。
• mothur_resources_14.6: 项目资源文件夹。
• sources: 项目源代码文件夹。
• TestBatches: 测试批次文件夹。
• TestMothur: 测试 Mothur 的文件夹。
• Products/Debug: 编译后的产品文件夹，包含调试版本。
• mothur.xcodeproj: Xcode 项目文件，适用于 macOS 和 iOS 开发。

2. 项目启动文件介绍

Mothur 项目的启动文件主要是 Makefile 和 Makefile-Windows。这两个文件分别用于 Unix-like 系统和 Windows 系统的编译和启动。

Makefile

Makefile 文件包含了项目的编译规则和启动命令。通过在终端中运行 make 命令，可以编译并启动 Mothur 项目。

Makefile-Windows

Makefile-Windows 文件是专门为 Windows 系统编写的 Makefile 文件。通过在命令提示符中运行相应的命令，可以编译并启动 Mothur 项目。

3. 项目的配置文件介绍

Mothur 项目的配置文件主要包括 INSTALL.md 和 README.md。

INSTALL.md

INSTALL.md 文件提供了详细的安装指南，包括系统要求、依赖库的安装方法以及项目的编译步骤。用户可以根据该文件中的说明进行项目的安装和配置。

README.md

README.md 文件是项目的主 README 文件，包含了项目的基本介绍、使用说明以及常见问题的解答。用户可以通过阅读该文件了解项目的基本信息和使用方法。

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通过以上内容，您可以了解 Mothur 项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本信息。希望这份教程对您有所帮助！

mothur Welcome to the mothur project, initiated by Dr. Patrick Schloss and his software development team in the Department of Microbiology & Immunology at The University of Michigan. This project seeks to develop a single piece of open-source, expandable software to fill the bioinformatics needs of the microbial ecology community. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/mothur