bwa-mem2 项目安装与使用教程

bwa-mem2 项目安装与使用教程

bwa-mem2 The next version of bwa-mem 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bw/bwa-mem2

1. 项目目录结构及介绍

bwa-mem2/
├── ext/
├── images/
├── src/
├── test/
├── .gitignore
├── .gitmodules
├── LICENSE
├── Makefile
├── NEWS.md
├── README-ori.md
├── README.md

目录结构说明

• ext/: 存放外部依赖或扩展模块。
• images/: 存放项目相关的图片资源。
• src/: 存放项目的源代码。
• test/: 存放项目的测试代码。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• .gitmodules: Git 子模块配置。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• Makefile: 项目的编译配置文件。
• NEWS.md: 项目更新日志。
• README-ori.md: 原始的 README 文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。

2. 项目启动文件介绍

项目的主要启动文件是 src/ 目录下的源代码文件。具体来说，bwa-mem2 是一个命令行工具，其主要执行文件是编译后的二进制文件 bwa-mem2。

启动步骤

1. 编译项目:

   cd bwa-mem2
   make
   

2. 运行工具:

   ./bwa-mem2
   

3. 项目配置文件介绍

项目的主要配置文件是 Makefile，它包含了项目的编译配置和依赖管理。

Makefile 配置说明

• CXX: 指定 C++ 编译器，默认使用 gcc。
• multi: 多线程编译选项。
• index: 索引生成命令。
• mem: 映射命令。

示例配置

CXX = gcc

all: multi

multi:
    $(CXX) -o bwa-mem2 src/*.cpp

index:
    ./bwa-mem2 index ref.fa

mem:
    ./bwa-mem2 mem ref.fa read1.fq read2.fq > out.sam

通过以上配置，可以编译并运行 bwa-mem2 工具，生成索引并进行序列比对。

bwa-mem2 The next version of bwa-mem 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bw/bwa-mem2