全外显子测序分析流程2 - BWA-MEM比对到参考基因组与BAM统计

全外显子测序分析流程2 - BWA-MEM比对到参考基因组与BAM统计

1. 封装流程特点

1. python封装， 参数控制
2. 配置文件设置核心参数，便于全流程控制

2. 运行示例

# -s: 样本名称
# -d: 样本结果目录
# -c: 芯片编号
# -t: 线程数， 默认6线程
python alignment.py -s sample -d /path/sample -c chip_id -t threads

3. BWA-MEM比对与BAM统计主程序

# alignment.py
import os
import optparse
i