Hi-C数据分析和可视化开源项目推荐

Hi-C数据分析和可视化开源项目推荐

hic-data-analysis-bootcamp Workshop on measuring, analyzing, and visualizing the 3D genome with Hi-C data. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/hi/hic-data-analysis-bootcamp

Hi-C数据分析和可视化项目是一个由哈佛医学院、麻省理工学院和UMassMed合作提供的开源项目。该项目致力于为科研人员提供测量、分析和可视化三维基因组结构的技术手段，主要使用Python编程语言。

项目基础介绍

该项目是一个工作坊教程，旨在教授科研人员如何使用Hi-C数据来分析三维基因组结构。Hi-C是一种实验技术，用于研究基因组在三维空间中的组织结构。通过Hi-C实验，可以生成接触矩阵，从而揭示基因组区域之间的相互作用。

核心功能

• Hi-C协议介绍：项目包含关于Hi-C实验流程的详细介绍，帮助科研人员理解从样本准备到数据生成的整个流程。
• 从fastq文件到接触矩阵：提供转换fastq测序数据到接触矩阵的详细步骤和工具，包括序列比对、矩阵生成等。
• 从接触矩阵到生物学意义：教授如何从接触矩阵中提取生物学信息，例如识别拓扑结构域和染色质环。
• Hi-C数据可视化：包括使用HiGlass和HiPiler等工具进行数据可视化的教程，帮助用户直观理解基因组的三维结构。

最近更新的功能

项目的最近更新主要包括：

• 改善用户界面：对教程中的用户界面进行了优化，使操作更加友好。
• 更新数据分析工具：随着技术的发展，项目更新了部分数据分析工具，以支持最新的Hi-C数据处理需求。
• 添加案例研究：增加了新的案例研究，帮助用户更好地理解Hi-C数据在实际研究中的应用。

通过这个项目，科研人员可以更好地理解和利用Hi-C技术，为基因组学研究提供新的视角和工具。

hic-data-analysis-bootcamp Workshop on measuring, analyzing, and visualizing the 3D genome with Hi-C data. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/hi/hic-data-analysis-bootcamp