本地安装运行HiC数据可视化容器higlass-docker

HiGlass，这是一个基于web技术的开源可视化工具，它提供了一个丰富的界面，用于快速、多重和多尺度导航2D基因组地图以及1D基因组轨迹，允许用户组合各种数据类型，同步多个可视化模式，并与其他人共享完全可定制的视图。我们展示了它在探索不同实验条件、比较分析结果以及创建交互式快照以与合作者和更广泛的公众共享方面的实用性。

 1.下载镜像

docker pull higlass/higlass-docker
docker images

2.  生成实例化容器

docker run --detach \
           --publish 8888:80 \
           --volume ~/hg-data:/data \
           --volume ~/hg-tmp:/tmp \
           --name higlass-container \
           higlass/higlass-docker

docker ps
docker inspect higlass-container

# 端口映射
# 本地电脑执行
# ssh zheng@192.168.3.230 -L127.0.0.1:8888:127.0.0.1:8888

# 本地电脑浏览器
# 127.0.0.1: 8888

# 局域网访问
# 192.168.3.230:8888

3. 通过higlass-manage生成容器

conda activate HiC_seq
pip install higlass-manage

# 下载演示数据
wget https://pkerp.s3.amazonaws.com/public/dixon2012-h1hesc-hindiii-allreps-filtered.1000kb.multires.cool -O /tmp/sample.mcool
 
# 启动higlass
higlass-manage view /tmp/sample.mcool
higlass-manage start

docker ps
docker inspect higlass-manage-container-default

# 局域网访问
192.168.3.230:8989 # higlass-manage 默认端口号为8989

# netstat -tnlp|grep :8989

注: 通过docker higlass/higlass-docker 和 higlass-manage生成的容器，默认端口号，数据卷的映射不同！

4. 导入自己的数据，进行可视化

## 拷贝本地数据到容器目录
docker cp  /home/zheng/test/HiC_workspace/test.output.mcool higlass-manage-container-default:/tmp

## 查看
docker exec higlass-manage-container-default ls -lh  /tmp

##  add new data
# higlass-manage ingest /tmp/test.output.mcool
higlass-manage ingest /tmp/test.output.mcool --filetype cooler --datatype matrix --assembly hg38

## 删除文件
# docker exec higlass-manage-container-default rm /tmp/test.output.mcool

## 直接打开文件，进行可视化
higlass-manage view /tmp/test.output.mcool

参考：

https://docs.higlass.io/higlass_docker.html

https://github.com/higlass/higlass-docker

https://www.jianshu.com/p/495c576f0f0f

http://higlass.io