HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用

最新推荐文章于 2024-12-03 20:37:57 发布
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欢迎关注”生信修炼手册”!

HiGlass是一个hi-C数据可视化的web应用，参考UCSC基因组浏览器和juicebox中数据的展示形式，运用D3.js等流行的可视化框架对数据进行展示，基于web技术提升了用户的交互体验，缺点就是需要搭建过程比较繁琐。网址如下

http://higlass.io/about

和其他基因组浏览器类似，将每种需要展示的信息定义为tracks, 提供了一下不同的展现形式

下列网址是一个demo网站，展示了HiGlass的各种视图

http://higlass.io/

1. single  view

单个视图窗口，用于展示单个hi-c图谱，基本展现形式如下

用热图的形式展现hi-c图谱，允许通过鼠标进行缩放，或者通过搜索框指定基因组区域。

2.  two linked views

相互关联的两个窗口，两个窗口展示的基因组区域是同步的，可以方便的比较两个Hi-C图谱的异同，示意如下

最低0.47元/天 解锁文章
使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据
庐州月光的博客
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欢迎关注”生信修炼手册”!可视化是数据分析中非常重要的一个环节，对于NGS分析数据的可视化，最常用的就是各种基因组浏览器了，既有UCSC, GBrowse等基于web的基因组浏览器，也有...
HiCPlotter|HiC数据可视化工具
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HiCPlotter简介   HiCPlotter基于Python开发的将HiC数据可视化的工具。 官方网站链接如下： https://github.com/kcakdemir/HiCPlotter 利用conda搭建HiCPlotter的环境 conda create -n hicplotter conda activate hicplotter   HiCPlotter的环境依赖 1.Python 2.7.* 2.Numpy(1.9.0,1.9.2,1.10.4) 3.Scipy(0.14..
3D基因组工具（HiC可视化）trackc--bioinfomatics tools 35
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为了创建适合发表的高质量图像，精细调整每个轨迹的比例非常重要。快速调整轨迹比例以及轻松添加或移除轨迹的能力是一个重要问题。例如，如果虚拟图形的高度为 1，而新轨迹的高度为 4，则子图的实际高度将为 1 * 4。这些函数为用户提供了一种快速灵活的方法，用于调整每个轨迹的比例，同时方便地在多组学可视化布局中添加或移除轨迹。定义整个图像的大小，允许用户从上到下或从左到右设置一组子图，可以通过 height_ratios。是一个表示虚拟图形的对象，其宽度为 5，高度为 1。控制新轨迹与相邻轨迹之间的间距。
Hi-C数据可视化-组装角度
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Hi-C数据可视化-组装角度 这里讨论HiC的可视化是从组装角度出发，也就是如何展示contig和contig之间的关系 Hi-C数据可视化(我所知)有下面几个 Juicerbox: 可视化图形工具，需要.hic作为输入。 HiTC: R包工具 HiCPlotter: Python工具 HiCExplorer: Python工具 HiGlass: 网页浏览器...
本地安装运行HiC数据可视化容器higlass-docker
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【代码】本地安装运行HiC数据可视化容器higlass-docker。
hic-data-analysis-bootcamp：使用Hi-C数据测量，分析和可视化3D基因组的研讨会
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higlass:Web的快速大规模矩阵可视化
04-30
介绍 HiGlass是基于Web的查看器，可处理太大而无法一次查看的数据集。 它具有多个视图的同步导航以及连续的缩放和平移功能，可在基因组位点和分辨率之间进行导航。 它支持对来自不同实验条件的基因组（例如Hi-C，ChIP-seq或床注释）和其他数据（例如地理图，十亿像素图像或抽象的1D和2D顺序数据）进行视觉比较，并可用于有效地识别实验性干扰的显著结果，产生新的假设并与社区分享结果。 可以在上找到活动实例。 可用于在本地运行实例，尽管我们建议使用软件包启动，停止和配置本地实例。 有关如何使用和安装HiGlass的文档，请访问 。 引文 Kerpedjiev，P.，Abdennur，N.，Lekschas，F.，McCallum，C.，Dinkla，K.，Strobelt，H ...，＆Gehlenborg， N.HiGlass：基于Web的视觉探索和基因组相互作用分析地图。 基因组生
higlass-arcs:HiGlass轨道，用于显示断开区域之间的弧
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HiGlass的Arcs Track 将非相邻区域之间的连接显示为圆弧 WebGL的实现灵感来自。 现场演示： : 注意：这仅是弧形轨迹的源代码！ 您可能还想查看以下存储库： HiGlass查看器： : HiGlass服务器： ： HiGlass码头工人： : //github.com/higlass/higlass-docker 安装 npm install higlass-arcs 用法 实时脚本可以在以下位置找到： https://unpkg.com/higlass-arcs/dist/higlass-arcs.min.js 确保在hglib.min.js之前加载此轨道。 例如： < script src =" higlass-arcs.min.js " > </ script > < script src =" hglib.min.js " > </
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HiGlass应用程序 用于查看，浏览和注释1D和2D基因组数据的Web应用程序。 HiGlass应用程序用于运行但您也可以将其用作围绕HiGlass构建自己的应用程序的起点。例如，它在用作前端应用程序。 网址： : 帮助： : 注意：这仅是Web应用程序的源代码！您可能还想查看以下存储库： HiGlass查看器： : HiGlass服务器： ： HiGlass码头工人： : HiGlass管理： ： 安装 npm install --save higlass-app 发展 git clone https://github.com/higlass/higlass-app && higlass-app npm install 指令 开发服务器： npm start 生产版本： npm run build 自动格式化JS代码： npm run fix 配置 可以在构
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大甘的博客
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Hi-C 是一种基因组三维结构测序技术，用于研究染色质在细胞核中的三维组织。它通过捕获基因组中不同区域的物理相互作用，揭示染色质折叠和基因调控网络的关系。
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