细胞基因探索者：CELLxGENE 安装配置完全指南

细胞基因探索者：CELLxGENE 安装配置完全指南

cellxgene An interactive explorer for single-cell transcriptomics data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellxgene

项目基础介绍及主要编程语言

细胞基因探索者（CELLxGENE）, 正式名称为CZ CELLxGENE Annotate，是一个用于单细胞转录组数据的交互式探索工具。该工具设计旨在让生物学家和计算研究人员能够高效地分析和理解从如人类细胞图谱等来源得到的大规模单细胞数据集。CELLxGENE基于现代Web开发技术，支持快速可视化至少百万级别的细胞数据。此项目以Python为主要编程语言，并利用了各种现代前端技术。

关键技术和框架

• Python: 核心逻辑实现语言。
• Web技术栈: 包括HTML, CSS, 和JavaScript，用于构建交互界面。
• conda/virtualenv: 环境管理工具，确保依赖项隔离。
• pip: Python包管理器，用于安装项目依赖。
• Jupyter notebook 或类似环境: 可选，用于演示或开发过程中的数据预处理。

准备工作与详细安装步骤

第一步：环境准备

1. Python安装: 确保你的系统中已安装Python 3.10或更高版本。

   python --version
   

2. 安装conda（推荐）或创建虚拟环境

   • 安装Anaconda或Miniconda: 下载页面
   • 创建新的虚拟环境

     conda create --name cellxgene_env python=3.10
     conda activate cellxgene_env
     

第二步：安装CELLxGENE

3. 使用pip在激活的环境中安装CELLxGENE。

   pip install cellxgene
   

第三步：运行示例数据

4. 启动CELLxGENE并加载示例数据。

   cellxgene launch https://cellxgene-example-data.czi.technology/pbmc3k.h5ad
   

   这将会启动一个本地服务器并自动打开浏览器展示数据。

第四步：验证安装与使用

• 成功启动后，你会看到一个交互式界面，允许你探索pbmc3k的单细胞数据。你可以通过菜单进行数据过滤、基因表达查看等操作。

额外步骤：自定义数据加载

• 准备好你的.h5ad格式的数据文件，或者使用anndata.AnnData对象。
• 使用命令加载自己的数据：

  cellxgene launch 路径/到/你的/data.h5ad
  

注意事项

• 确保使用的浏览器是Google Chrome 61+、Edge 15+或Firefox 60+，以获得最佳体验。
• 如遇到任何问题或需获取帮助，请加入CZI Science Community Slack的#cellxgene-users频道，或直接在GitHub上提交问题。

至此，你已经成功安装并运行了CELLxGENE，可以开始探索你的单细胞转录组数据之旅了！记得查看官方文档以了解更高级的使用技巧和开发细节。祝数据分析愉快！

cellxgene An interactive explorer for single-cell transcriptomics data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellxgene