TGS-GapCloser 项目推荐

TGS-GapCloser 项目推荐

TGS-GapCloser A gap-closing software tool that uses long reads to enhance genome assembly. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tg/TGS-GapCloser

1. 项目基础介绍和主要编程语言

TGS-GapCloser 是一个开源的基因组拼接工具，主要用于填补基因组序列中的缺口（N-gap）。该项目由BGI-Qingdao团队开发，旨在利用第三代测序技术（如PacBio和Oxford Nanopore）生成的长读取数据来增强基因组组装。TGS-GapCloser 主要使用 C++ 编程语言编写，同时也涉及一些 Shell 和 Makefile 脚本。

2. 项目核心功能

TGS-GapCloser 的核心功能包括：

• 填补基因组缺口：使用长读取数据填补基因组序列中的N-gap，从而提高基因组组装的完整性。
• 支持多种输入格式：接受原始长读取数据和预先错误校正的读取数据作为输入。
• 自动错误校正：如果仅提供原始长读取数据，TGS-GapCloser 会调用 Racon 进行自动校正；如果提供额外的短读取数据（NGS），则会调用 Pilon 进行校正。
• 灵活的参数设置：用户可以根据需要调整多种参数，如最小匹配长度、最小身份过滤、线程数等，以优化填补效果。

3. 项目最近更新的功能

TGS-GapCloser 最近的更新包括：

• 支持PacBio读取类型：除了默认的ONT（Oxford Nanopore Technologies）读取类型外，现在还支持PacBio读取类型，用户可以通过 --tgstype 参数进行选择。
• 自定义minimap2参数：用户现在可以通过 --minmap_arg 参数自定义minimap2的参数，这对于避免生成过大的paf文件特别有用，例如在使用HiFi Reads时可以尝试 --minmap_arg '-x asm20'。
• 改进的错误校正模块：优化了Racon和Pilon的调用方式，提高了错误校正的效率和准确性。
• 详细的输出信息：增加了 gap_fill_details 文件，详细记录了每个缺口的填补过程和来源，便于用户进行后续分析和验证。

通过这些更新，TGS-GapCloser 在处理大型基因组时更加高效和灵活，为用户提供了更好的使用体验。

TGS-GapCloser A gap-closing software tool that uses long reads to enhance genome assembly. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tg/TGS-GapCloser