RELION安装配置完全指南

林恒西Tuesday

于 2024-09-13 22:25:32 发布

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RELION安装配置完全指南

relion 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/re/relion

项目基础介绍及编程语言

RELION（REgularised LIkelihood OptimisatioN） 是一个用于低温电子显微镜(cryo-EM)结构确定的独立软件包，采用经验贝叶斯方法。这个项目在Sjors Scheres领导的MRC分子生物学实验室开发。RELION是基于GPLv2许可证分发的，保证了其开放性，适用于包括商业用途在内的所有场景。核心编程语言主要是 C++, 同时包含了一定比例的 CUDA、C 和少量的 Python、CMake 及其他辅助技术。

关键技术和框架

低温电子显微镜(cryo-EM) 技术处理。
贝叶斯优化算法 用于3D重建和2D类平均的最大后验概率(Maximum A Posteriori, MAP)精炼。
MPI (Message Passing Interface) 支持并行计算，提升处理速度。
FFTW (Fastest Fourier Transform in the West) 库用于快速傅里叶变换，关键在于图像处理。
集成了 FLTK 图形界面库以提供用户交互体验。
利用 CMake 进行构建系统管理，简化跨平台编译安装过程。

安装与配置步骤

准备工作

确保你的系统已安装Git和CMake，并根据你的Linux发行版准备相应的依赖包。对于Debian或Ubuntu系统，执行以下命令：

sudo apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev libtiff-dev libpng-dev ghostscript libxft-dev

而对于RedHat类似系统（如CentOS、RHEL），使用yum安装必要的工具和库：

sudo yum install cmake git gcc gcc-c++ openmpi-devel fftw-devel libtiff-devel libpng-devel ghostscript libXft-devel libX11-devel

安装步骤

克隆代码仓库：

git clone https://github.com/3dem/relion.git

选择分支（可选）：若要尝试最新的开发版本，可以切换到ver4.0分支，但推荐大多数用户使用稳定版（默认克隆时为master分支）。
```
git checkout master 或 git checkout ver4.0
```
创建构建目录并进入：
```
mkdir build && cd build
```
运行CMake配置，可以根据需求添加额外参数，例如指定安装路径：
```
cmake ..
```
若遇到特定依赖问题，可能需要添加参数如 -DFORCE_OWN_FLTK=ON 或 -DFORCE_OWN_FFTW=ON。
编译与安装：
- 直接编译：
```
make
```
- 若要安装至特定路径（非必要）：
```
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/your/install/path ..
make
sudo make install
```
注意：避免将构建目录本身设置为安装前缀。
环境变量配置：确保PATH环境变量包含RELION二进制文件所在目录，以免启动问题。