Relion三维重构失败可能的问题

在使用relion时，有可能会出现initial model 正常但是三维精修后一塌糊涂的情况，这时候如果你在三维精修时设置了对称性，那么这篇文章可能会解决你的问题。

一开始我发现自行编写.star来导入颗粒会引起这种情况，但后来发现这个现象可能更普遍些

以relion tutorial中使用的beta-galactosidase数据集为例

这是初始模型，一切正常

三维精修（D2对称）后，结构完全错误

如果你尝试不限制对称性（C1），能重构出正常的结构，那么可以继续看下去

当时这个问题困扰了我很久，于是请教了relion的开发者

 

问题在于，使用带有对称性限制三维精修时，要事先校准initial model的三维角度，使用以下命令（这个结构是D2对称，要根据实际改动）：

relion_align_symmetry --i InitialModel/job015/run_it150_class001.mrc \--o InitialModel/job015/run_it150_class001_alignD2.mrc --sym D2

之后问题就解决了，这是正常精修结构，很漂亮

 

另外，回答我问题的biochem-fan （Takanori Nakane）是个很了不起的人，他作为第一作者在nature发表的'Single-particle cryo-EM at atomic resolution'是领域内里程碑作品，被nature评为2020年度十大发现，感兴趣的人可以多了解一下他，可以从他身上学习到很多东西

我的提问连接：

https://github.com/3dem/relion/issues/839