pubchem使用说明

一、下载与安装

下载python包

pip install pubchempy

查看说明

help(pubchempy)

（二、使用说明

一、模块概述

pubchempy是用于 PubChem PUG REST 服务的 Python 接口，其源代码可在https://github.com/mcs07/PubChemPy获取。

二、主要类

1. Assay类

   • 代表 PubChem 中的一个实验记录。
   • 方法包括初始化、比较、转换为字典表示等。
   • 类方法可从 AID 检索实验记录。
   • 具有多种属性，如 aid、aid_version、comments、description、name、project_category、results、revision、target 等。

2. Atom类

   • 表示化合物中的一个原子。
   • 可设置和获取原子的属性，如原子 ID、原子序数、坐标和电荷等。
   • 具有将原子转换为字典表示等方法。
   • 具有 coordinate_type 和 element 等只读属性。

3. BadRequestError类

   • 继承自PubChemHTTPError，表示请求格式不正确。

4. Bond类

   • 代表化合物中两个原子之间的键。
   • 可操作键的属性，如起始和结束原子 ID、键序和键样式等。
   • 可转换为字典表示。

5. BondType类

   • 定义了不同键类型的常量。

6. Compound类

   • 对应 PubChem 化合物数据库中的单个记录。
   • 可从 CID 检索化合物记录。
   • 具有多种属性，如 aids、atom_stereo_count、atoms、bond_stereo_count、bonds、cactvs_fingerprint、canonical_smiles、charge、cid 等。
   • 可转换为字典或pandas.Series表示。

7. CompoundIdType类

   • 定义了化合物 ID 类型的常量。

8. CoordinateType类

   • 定义了坐标类型的常量。

9. MethodNotAllowedError类

   • 继承自PubChemHTTPError，表示请求不被允许。

10. NotFoundError类

    • 继承自PubChemHTTPError，表示输入记录未找到。

11. ProjectCategory类

    • 定义了项目类别的常量。

12. PubChemHTTPError类

    • 通用错误类，用于处理所有 HTTP 错误代码。

13. PubChemPyDeprecationWarning类

    • 用于警告已弃用的功能。

14. PubChemPyError类

    • 所有pubchempy异常的基类。

15. ResponseParseError类

    • 表示无法解析 PubChem 响应。

16. ServerError类

    • 继承自PubChemHTTPError，表示服务器端出现问题。

17. Substance类

    • 对应 PubChem 物质数据库中的单个记录。
    • 可从 SID 检索物质记录。
    • 具有多种属性，如 aids、cids、deposited_compound、sid、source_id、source_name、standardized_cid、standardized_compound、synonyms 等。
    • 可转换为字典或pandas.Series表示。

18. TimeoutError类

    • 继承自PubChemHTTPError，表示请求超时。

19. UnimplementedError类

    • 继承自PubChemHTTPError，表示请求的操作尚未实现。

三、函数

1. compounds_to_frame(compounds, properties=None)：从化合物对象列表构建pandas.DataFrame。
2. deprecated(message=None)：装饰器，用于标记已弃用的函数。
3. download(outformat, path, identifier, namespace='cid', domain='compound', operation=None, searchtype=None, overwrite=False, **kwargs)：下载数据，格式可以是 XML、ASNT/B、JSON、SDF、CSV、PNG、TXT。
4. get(identifier, namespace='cid', domain='compound', operation=None, output='JSON', searchtype=None, **kwargs)：自动处理异步请求的请求包装器。
5. get_aids(identifier, namespace='cid', domain='compound', searchtype=None, **kwargs)。
6. get_all_sources(domain='substance')：返回所有当前物质或实验的提交者列表。
7. get_assays(identifier, namespace='aid', **kwargs)：检索指定的实验记录。
8. get_cids(identifier, namespace='name', domain='compound', searchtype=None, **kwargs)。
9. get_compounds(identifier, namespace='cid', searchtype=None, as_dataframe=False, **kwargs)：检索指定的化合物记录，可转换为pandas.DataFrame。
10. get_json(identifier, namespace='cid', domain='compound', operation=None, searchtype=None, **kwargs)：自动解析 JSON 响应并抑制NotFoundError的请求包装器。
11. get_properties(properties, identifier, namespace='cid', searchtype=None, as_dataframe=False, **kwargs)：检索指定的属性，可转换为pandas.DataFrame。
12. get_sdf(identifier, namespace='cid', domain='compound', operation=None, searchtype=None, **kwargs)：自动解析 SDF 响应并抑制NotFoundError的请求包装器。
13. get_sids(identifier, namespace='cid', domain='compound', searchtype=None, **kwargs)。
14. get_substances(identifier, namespace='sid', as_dataframe=False, **kwargs)：检索指定的物质记录，可转换为pandas.DataFrame。
15. get_synonyms(identifier, namespace='cid', domain='compound', searchtype=None, **kwargs)。
16. memoized_property(fget)：装饰器，用于创建记忆化属性。
17. request(identifier, namespace='cid', domain='compound', operation=None, output='JSON', searchtype=None, **kwargs)：构建 API 请求并返回响应。
18. substances_to_frame(substances, properties=None)：从物质对象列表构建pandas.DataFrame。

四、数据

1. API_BASE = 'https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug'。
2. ELEMENTS = {1: 'H', 2: 'He', 3: 'Li', 4: 'Be', 5: 'B', 6: 'C', 7: 'N',...}。
3. PROPERTY_MAP = {'atom_stereo_count': 'AtomStereoCount', 'bond_stereo_c...}。
4. __email__ = 'm.swain@me.com'。
5. __license__ = 'MIT'。
6. division = _Feature((2, 2, 0, 'alpha', 2), (3, 0, 0, 'alpha', 0), 1310...。
7. log = <Logger pubchempy (WARNING)>。
8. print_function = _Feature((2, 6, 0, 'alpha', 2), (3, 0, 0, 'alpha', 0)...。
9. text_types = (<class 'str'>, <class 'bytes'>)。
10. unicode_literals = _Feature((2, 6, 0, 'alpha', 2), (3, 0, 0, 'alpha',...。

五、版本和作者

1. VERSION = 1.0.4。
2. AUTHOR = Matt Swain。