当厌氧菌遇见氧气之后，氧毒性、耐受性和防御性机制

最近一直忙于开题报告，在这件事中收获颇丰，接受的打击也颇丰。但是这事情总算是快告一段落了，有空去读读文献，接受一下新思想了。
来自Nature Reviews Microbiology的一篇文章：

当厌氧菌遇见氧气之后，氧毒性、耐受性和防御性机制

摘要：

问题：氧气会阻碍厌氧菌的生长，其中的机制尚不知道。
之前的假设：厌氧菌为进化出对超氧化物或过氧化氢等活性氧化物的防御系统。
悖论：需氧菌和厌氧菌大部分氧气防御机制都相同。
研究内容：探究了Bacteroides, Desulfovibrio, Pyrococcus and Clostridium 的物种如何应对氧气的。(这些都是厌氧菌)
结论：厌氧菌已经进化出一种策略，要么将氧气干扰其新陈代谢的程度降至最低，要么在外部压力消散后不久恢复功能。

背景

地球在很久之前的处于无氧状态下。38亿年前，地球出现了生命，而细菌都是通过氢和硫化氢来得到电子， 而植物光合作用的光系统二是出现在30亿年前，光系统的出现使细菌可以通过水来得到电子，同时也产生了副产物 — 氧气。早期的生物产生的氧气被环境中的还原物（主要是亚铁和硫）还原掉，因此地球还是处于一种缺氧的环境下。然而随着还原物质的消耗，环境中氧气的含量逐渐升高，直到25亿年前，氧气水平上升为现在的10%作用，随后一直上升。因此一些生物开始改变他们的厌氧呼吸链，以氧气为电子受体，进行呼吸作用。
作者的观点：厌氧微生物实际上与需氧微生物具有大部分的氧化防御系统。它们持久的氧气敏感性是优化厌氧能量产生的化学类型的副产物。

研究内容

厌氧菌的生长环境

在有机营养丰富，但是环境对流有限的环境中，厌氧菌极易生产。 因为在弱对流效应中，氧气被表面的需氧生物消耗，从而在下层建立起缺氧环境。

厌氧菌富集的场所：

不同厌氧菌对氧气的耐受性：

厌氧菌的两种氧气利用机制

1. 膜结合的细胞色素bd氧化酶(Cyd)接受来自醌(Mq)和上游脱氢酶的电子；
2. 氧氧化还原酶(Roo)从还原的红素氧还蛋白中获得电子

氧气毒性与生长停滞

1. 为什么空气中的氧气会阻止许多细菌和古生菌的生长？
   其中一个假设是：厌氧菌不能完全占据有氧栖息地，因为氧气在某种程度上与它们的核心新陈代谢策略不相容。
   原理：氧气会损害一些自由基依赖的酶，而其他酶则受到保护。

1. 氧气使丙酮酸甲酸裂解酶失活的流程

2. 氧气干扰低电位的金属离子（金属酶的活性中心）
氧气由于其外围电子的特属于，不能被环境中的还原碳还原。但是氧气却可以将某些金属酶的活性中心（金属离子）氧化到其正常催化价之外的氧化还原状态，这样就可以破坏酶的活性。

氧敏感金属酶的结构

体内氧中毒研究以及体外结果的证实和扩展 (实验验证)

有些酶，如自由基S-去糖蛋氨酸(SAM)和乌头酸酶类酶，在含氧缓冲液中失去活性，但在含氧细胞内却正常行使功能。这些原因不得而知。所以关于氧气如何影响各种厌氧菌正在进行的新陈代谢的生理学研究还很有限。
拟杆菌在有氧的状态下代谢中断，但是恢复缺氧状态，代谢恢复
破坏机制一： 氧气直接破坏某些酶

破坏机制二：内源性的O2−氧化酶，使其失活

下图是延胡索酸酶的结构，其活性部位突出，这样利于铁原子与底物结合，但这种结构很容易受到其他氧化剂氧化。在大肠杆菌的实验中，证明过量的O2−使酶失活。

通气时，厌氧菌受损的机制

O2−和H2O2是由相似的过程产生的。
在通气状态下，厌氧菌(变形杆菌)产生的H2O2是兼性厌氧菌(大肠杆菌)的40倍，生成量是跟氧气成正比的，这也就解释了厌氧菌在通氧气时的受损的机制。

厌氧菌对环境H2O2的防御

分子O2或内源性O2−对酶的损伤可以阻止厌氧菌的生长，但这种损伤不是致命的。也就是说一旦恢复缺氧状态，酶就可以修复或替换，生长就可以恢复。但是某些DNA的损伤也不可避免。
一项研究表明，脆弱芽孢杆菌 （Bacillus fragilis）通过诱导过氧化氢酶、烷基氢过氧化物酶(AhpC)、硫氧还蛋白过氧化物酶(TPX)和红霉素过氧化物酶对有氧环境作出反应。
每种厌氧菌都包含了自己的一套反应机制来应对有氧环境。

厌氧菌经历有氧环境，再到厌氧环境的恢复

细菌使用不同的策略来修复和重新激活被O2−或H2O2破坏的酶。但是几乎可以肯定的是，厌氧菌不仅能在氧气压力下生存，而且还能迅速从氧气压力中恢复过来。他们这样做的策略在还没有被研究透彻，这也许就是未来研究的一个挑战。

结论

1. 厌氧菌拥有与兼性厌氧细菌和需氧菌相同的大部分抗氧化防御和调控系统。因此不是简单的未进化出抗氧化防御机制。
2. 厌氧菌的在有氧环境下的状态其实就是某些酶的调控机制。（氧气和O2−或H2O2对金属酶的活性中心起的作用）