TCGA数据的筛选的问题

最新推荐文章于 2024-05-29 10:37:09 发布
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各位大神，我是一名刚入门的小白，现在需要筛选TCGA里有基因变异的数据，想问一下应该怎么做，谢谢~这是下载的数据，都是一些文件，打开是SVS文件

haoxinqinghy
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tcga数据下载_从GDC下载最新的TCGA临床数据
weixin_39981681的博客
11-19 2724
本文从GDC直接获取TCGA数据，不同于cbioportal、Xeon等TCGA下载工具，GDC数据是实时更新的最原始的数据。下载数据GDC的综合数据下载页面为https://portal.gdc.cancer.gov/repository打开后可见页面如下所示，左侧为数据筛选区域，可以按照Files和Cases两种方式筛选，右侧上部分为所有数据的摘要图，右侧下部分(未显示)为所选的数据...
tcga数据下载_TCGA数据挖掘（二）：数据下载与整理
weixin_39850167的博客
11-19 3987
关于TCGA数据库中的数据下载，我们之前有介绍过R语言下载包：R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据，同时在介绍数据库的使用教程中也介绍了在线下载以及官方下载工具下载：TCGA数据库使用教程。在线下载以及官方下载工具下载的数据是分开的，每个样本的数据的独立的，需要自己合并，这需要会R，Python 或者 perl 等编程语言（文末补充内容介绍）。这里我们先介绍TCGAbiolinks...
TCGA_筛选病人_radiation
weixin_59289660的博客
07-19 1110
筛选满足某一临床特征的病人，例如这里的接受过放射的病人
TCGA 数据分析实战 —— 差异基因
dxs18459111694的博客
05-29 2540
数据进行差异表达分析的包，它的线性模型和差异表达函数可以应用于任何基因表达定量技术，也包括定量。包集成了很多功能，包括数据的读取、预处理（如背景矫正、组内或组件标准化等）和差异表达分析。不仅可以应用在基因水平，也可以在外显子、转录本水平进行差异分析，我们以基因水平为例。数据进行差异表达分析，也可以对其他芯片类型的数据进行分析，如。该算法的核心是使用负二项广义线性模型来检验基因表达的差异。等数据进行差异表达分析，任何从基因组特征上产生的。的几个函数来过滤低表达的基因，然后进行。来进行差异表达分析。
TCGA数据库学习二：差异基因分析
weixin_73362123的博客
03-31 5440
在分析TCGA阿虎句酷里的RNA-seq数据之前，先了解TCGA样本的id名称。TCGA样本id中第14-15位代表分组信息，01-09是tumor(肿瘤)，10-29是normal。
excl剔除不合格数据求平均值
weixin_33735077的博客
02-26 417
excl剔除不合格数据求平均值 trimmean函数 正态分布： CONFIDENCE.NORM 函数 转载于:https://www.cnblogs.com/orchid-sky/p/3569636.html
基于TCGA数据挖掘筛选肺鳞癌预后相关lncRNA分子标签.pdf
07-14
根据所提供的文件信息，本文主要探讨了基于美国癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）数据库，利用数据挖掘技术筛选与肺鳞癌预后相关的长非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）分子标签的研究内容。...
傻瓜式快速下载TCGA数据（win x86版本）
08-16
2. **数据搜索**：在界面上，你可以根据项目、样本类型、病例ID、基因等条件进行数据筛选，找到你感兴趣的TCGA数据。 3. **数据下载**：选择好数据后，点击下载按钮，工具会自动处理数据请求，将大文件分割并分批...
linux下载TCGA数据,TCGA数据库讲解与数据下载
weixin_33252909的博客
05-12 1274
原标题：TCGA数据库讲解与数据下载前几期，生信草堂和大家分享了一篇TCGA数据下载的文章，有小白表示TCGA还是好深奥，找不到下载地址的，看不懂数据格式。今天小编就从头开始，娓娓道来，再给大家介绍一下TCGA数据库和下载方法，希望大家都能用好这个宝库。TCGA (The cancer genome atlas)是一个非常重要的癌症数据库，其主要收录各种人类癌症(包括亚型在内的肿瘤)的临床数据，基...
tcga数据下载_TCGA突变数据的下载、整理和可视化
weixin_39842937的博客
11-19 7093
今天是生信星球陪你的第520天 大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！花花写于2020-01-17 小年快乐呀大家！今天上班最后一天，接下来开启长达半个月的年假(距离下一场讲课还有20天，期待)。我今年第一年在广东过年，...
亚型多态性应用于元组的危险
最佳 Java 编程
05-30 141
Java 8具有lambda和stream，但是没有元组，这真是令人遗憾 。 这就是为什么我们在jOOλ中实现了元组-Java 8缺少的部分 。 元组确实是无聊的值类型容器。 本质上，它们只是这些类型的枚举： public class Tuple2<T1, T2> { public final T1 v1; public final T2 v2; pu...
TCGA下载基因表达矩阵、可视化分析
一个小男孩
04-21 2581
方法1： 选择RNA-Seq 找TSV格式open的文件加入购物车 进入到购物车点download --cart 打开下载后的tsv格式文件 方法2： (9条消息) 基于TCGA数据库的差异基因分析实现_学习的派大星的博客-CSDN博客_tcga差异基因分析https://blog.csdn.net/qq_38567599/article/details/120901851方法3： (9条消息) tcga数据下载_TCGA数据下载与ID转换_weixin_39...
TCGA相关分析之数据筛选 | python从TCGA-GBM的RNA-seq表达数据count中筛选出各genes对应的案例cases的表达量count矩阵
倚树探星的博客
04-20 2480
接上一篇文章，现在开始筛选数据组成count矩阵。 上一篇：TCGA下载GBM患者的RNA-seq数据 上一篇结束，下载到初始数据（图一图二是下载之后的文件夹以及每一个文件夹中的count数据文件） 需要从每一个count数据文件中筛选出gene_name、gene_type为lncRNA、FPKM表达量，效果图如下： 由于不会R语言，就用python来实现 步骤： 从每一个文件夹中提取出来count数据文件，整理到一个新文件夹中 将所有count数据文件中需要的列提取出来，整合到一个文件中.
基于TCGA数据库的差异基因分析实现
我们会很适合 慢慢来 总会遇见你的
10-22 8593
1.数据下载 1.1 网页下载 1.2 TCGABiolinks下载 setwd("D:\Bioinformatics data analysis") if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TCGAbiolinks") library(TCGAbiolinks) query <- GDCquery(projec
TCGA数据库的利用（三）—做差异分析的三种方法
小张Python
06-05 2万+
今天更新TCGA数据库的利用系列第三篇文章，在对TCGA数据进行挖掘时，通常会筛选出来一些表达量显著异常的基因，作为后续研究的对象，这个筛选过程叫做差异分析；本篇文章将分为三大模块对差异分析进行介绍关于差异分析的官方解释：差异分析就是将一组资料的总变动量，依可能造成变动的因素分解成不同的部份，并且以假设检定的方法来判断这些因素是否确实能解释资料的变动。我自己的一点理解：差异分析就是对总体样本数据中...
R语言进行TCGA配对样本差异基因分析
悟道西方
03-30 1万+
之前的一个推文是从UCSC XENA获取TCGA的表达和表型数据，然后利用代码对表达数据进行了ID注释，以及mRNA、lncRNA和miRNA的区分筛选，最后将患者ID和临床信息进行配比，...
利用TCGA癌症基因进行差异分析
tqptr_opqww的博客
05-19 7712
TCGA癌症基因差异分析步骤 文章目录TCGA癌症基因差异分析步骤1. 数据库下载2. 将分散的文件转化为矩阵3. 将矩阵id转化为基因名4. 进行差异表达分析 1. 数据库下载 进入TCGA数据库官网，根据自己的需求下载各种癌症的数据库，全部勾选好对应的需求之后，下载解释文件（manifest），基因表达量文件（cart），临床数据（clinical），生物多样性数据（biospecimen），样品对应文件（metadata，tcga的id和病人id对应的文件） 最终下载的文件如上图所示。 2. 将分散
TCGA数据库详解
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小猪打呼噜
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TCGA（The cancer genome atlas，癌症基因组图谱）由National Cancer Institute(NCI，美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute（NHGRI，美国国家人类基因组研究所）于 2006 年联合启动的项目，收录了各种人类癌症（包括亚型在内的肿瘤）的临床数据，基因组变异，mRNA表达，mi...
通过整理TCGA数据，探索某癌症的癌组织和正常组织的差异基因。
super_qun的博客
04-01 3万+
试验目的 :获取三阴性乳腺癌的正常组织和癌症组织的基因表达差异情况，比较三阴性乳腺癌中的基因表达变化情况。 试验设计 :通过TCGA获取乳腺癌的RNA-seq表达数据，筛选出三阴性乳腺癌的样本，通过比较癌症和正常组织的表达差异。
r语言整理tcga数据
最新发布
07-31
R语言非常适合处理TCGA（The Cancer Genome Atlas）这样的大型基因表达和临床数据集。TCGA数据通常包含基因表达矩阵、临床特征、样本元数据等多个部分。以下是使用R整理TCGA数据的一般步骤： 1. **下载数据**：从官方TCGA网站（https://portal.gdc.cancer.gov/）或通过GDC SDK下载已转化成适当格式（如CSV或 ExpressionSet）的数据。例如，你可以使用`gdcR`或`TCGA2STATS`包帮助下载和安装。 2. **加载数据**：使用`read.table`或`read.csv`函数读取基因表达数据，而`delayedMatrixStats`或`Biobase`包的`ExpressionSet`可以帮助管理大型矩阵数据。 ```r exprs_data <- read.table("gene_expression_data.txt", row.names=1, header=TRUE) ``` 3. **合并数据**：如果需要将基因表达数据与临床信息（如肿瘤类型、生存期等）结合，可以用`merge`或`dplyr`包的`left_join`函数。 4. **数据清洗**：检查并处理缺失值（通常是用`is.na`和`complete.cases`函数），异常值（`boxplot`或`outliers`包），以及不一致的列名或单位。 5. **预处理数据**：可能需要标准化或归一化基因表达值（如z-score、log转换等），这通常用到`preprocessCore`或`limma`包。 6. **探索性分析**：使用`ggplot2`或`gridExtra`画出热图、 volcano plot（显示基因显著变化的图）、Survminer包做生存曲线等。 7. **特征选择或降维**：可能通过相关性分析（`cor()`, `pheatmap`）或PCA（主成分分析，`prcomp`）来筛选重要基因或降低维度。 8. **保存处理过的数据**：最后，可能需要将结果保存回CSV或其他便于后续分析的格式。
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