DTI-ALPS处理笔记

已于 2023-10-28 21:03:58 修改
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分类专栏： 磁共振数据处理笔记 文章标签： 笔记
于 2023-10-28 21:01:07 首次发布
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这篇笔记详细介绍了DTI-ALPS处理流程，包括DTI数据预处理、ROI手动勾画以及ALPS指数计算。ALPS是一种无创评估脑内淋巴系统功能的方法，涉及对侧脑室体水平的血管周围空间分析。处理过程分为三个步骤：预处理DTI数据，人工勾画ROI，计算ALPS指数。使用fsleyes软件进行ROI勾画，并提供了批量处理的代码参考。

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DTI-ALPS处理笔记

前言：

前段时间刚好学习了一下DTI-ALPS处理（diffusion tensor image analysis along the perivascular space ），记录一下，以便后续学习。ALPS是2017年发表在《Japanese Journal of Radiology》的一篇文章首次提出的 (文章地址)，主要用于无创评估脑内淋巴系统功能的衡量数值。
在这里插入图片描述
C图和D图中的蓝色部分是投射纤维，绿色部分是联合纤维，红色部分是皮下纤维。
在这里插入图片描述
根据该文献的说法：在侧脑室体水平，髓静脉垂直于脑室壁，血管周围空间与髓静脉方向一致，为左右方向(x轴)。在该区域平面上，投射纤维沿头足方向运行，主要靠近侧脑室&

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使用FSL对DTI数据进行预处理
weixin_52073820的博客
05-28 4102
在fsl官网我们可以看到是同时使用了AP和PA图像处理，采用的是最小二乘法将2个图像合并为1个图像。–inindex此处需要处理的是PA图像，在acq_param.txt中我们是把这个放在第一行的，此处为1，如果处理的是AP图像，则此处为2。为了校正磁场引起的畸变，对DTI的B0像分别采集了A>P和P>A的反向编码的两种B0像。即如果AP和PA只有1个B0像时，那么这里就是两行，如果各有3个B0像则这里应该是6行。假设转换后的图像为sub01_AP.nii.gz和sub01_PA.nii.gz。
DTI‑ALPS基本原理及其实现方法
ImageFlow的博客
04-05 4177
此外，我们用垂直于纤维束主要扩散方向和PVS方向的扩散系数（投射纤维在y方向扩散系数 和联络纤维在z方向扩散系数 来衡量其它组织变化对水分子扩散的影响。● 在投射区域，沿PVS方向（x轴）的扩散率与MMSE得分之间存在显著正相关，而沿投射纤维方向（z轴）显示与MMSE得分显著负相关，前后方向（y轴）的扩散率与MMSE评分没有相关性。● 在联络区域，沿PVS（x轴）的扩散率与MMSE得分之间存在显著正相关，而沿联络纤维（y轴）扩散率显示与MMSE得分显著负相关。为投射纤维区域沿z方向的水分子扩散系数。
核磁数据的DTI预处理步骤
01-06
本资源为核磁数据分析，对核磁数据的DTI预处理，简单明了
DTI预处理及概率性纤维束追踪
Yuan_Rhea的博客
01-04 5255
基于弥散张量成像的脑白质神经纤维追踪技术是目前可在活体无创地重建纤维的位移方法。准确、快捷的重建人类脑白质内的神经纤维，可以更好的了解一些临床疾病的机制，为脑部手术方案的选择、手术导航等针对性的治疗提供可靠的数据；也为人类认识功能、分析脑认知功能、揭示脑神经的传导机制提供可行的方法。 弥散张量成像是指水分子弥散的各向异性、不均匀组织弥散特征。DWI只有ADC一个标量来描述弥散，只代表弥散梯度磁场施加方向上水分子的弥散特点，而不能完全，正确地评价不同组织各向异性的特点。
小血管病和神经退行性疾病中的血脑屏障破坏和血管周围间隙（PVS)
cc1609130201的博客
06-03 613
另一项研究包括两个时间点测量的不同 WMH 负荷的患者，并引入水交换率的方差（kw-var）作为 BBB 完整性测量，定义为患者的 kw 与对照组平均 kw 之间的绝对差异，因为 kw 的增加和减少（AQP4 通道去极化和 BBB 更渗漏）均可能表明病理。在微妙的BBB渗漏情况下，Ktrans不依赖于血流量（即对比剂的供应），接近BBB渗透性和血管表面积的乘积(PS产出物，在此文中的全称为"permeability-surface area product"，即"渗透性-表面积乘积")。
跨厂商测试-重测验证沿脑血管周围间隙的弥散张量图像分析（DTI-ALPS）用于评估脑脊液淋巴系统功能
cc1609130201的博客
09-23 1301
1]）（FSL流程）（P
DTI数据处理: from scanner to statistics
几何君的算法天空
02-23 1万+
安装准备 工具: FSL, MRIcron 准备工作: MRIcron安装 MRIcron的下载地址: http://www.mccauslandcenter.sc.edu/mricro/mricron/dcm2nii.html FSL安装: FSL是一个FMRI, MRI和DTI数据的的分析库. 支持OSX和linux系统, windows需要在虚拟机运行. 所有的...
DTI数据处理与分析（一）——DTI概念
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DTI概念 （来自百度百科） 摘要：弥散张量成像(DTI)，是一种描述大脑结构的新方法，是核磁共振成像(MRI)的特殊形式。举例来说，如果说核磁共振成像是追踪水分子中的氢原子，那么弥散张量成像便是依据水分子移动方向制图。弥散张量成像图（呈现方式与以前的图像不同）可以揭示脑瘤如何影响神经细胞连接，引导医疗人员进行大脑手术。它还可以揭示同中风、多发性硬化症、精神分裂症、阅读障碍有关的细微反常变化。
DTI数据预处理：科研利器，助您轻松驾驭神经影像分析
gitblog_06672的博客
09-26 693
DTI数据预处理：科研利器，助您轻松驾驭神经影像分析 【下载地址】DTI数据预处理详细流程分步整理 DTI数据预处理详细流程分步整理 项目地址: https://gitcode.com/Open-source-documentat...
dti-alps 代码
最新发布
02-14
### DTI-ALPS 实现的相关资源 对于寻找与DTI-ALPS相关的代码实现，GitHub是一个极佳的选择。许多研究者和开发者会分享其基于扩散张量成像分析局部各向异性剖面结构(DTI-ALPS)的工具和库[^1]。 一个推荐的方法是从...
DTI数据处理详细步骤TBSS
08-05
Detailed Steps for DTI Data Processing，FSL中DTI数据处理详细步骤TBSS
Mac分析dti-alps
01-22
### DTI-ALPS在Mac上的安装与配置 为了在Mac操作系统上执行DTI-ALPS分析，需先确保已安装必要的软件环境。通常情况下，这涉及到FSL (FMRIB Software Library) 和 MATLAB 的安装[^1]。 #### 安装FSL FSL 是一个用于...
DTI-ALPS指数怎么获得
06-10
DTI-ALPS指数是由道琼斯指数公司（S&P Dow Jones Indices）和ALPS Advisors联合开发的一种指数，旨在衡量大宗商品价格的变化。该指数包括21个大宗商品，包括能源、金属和农产品等。您可以通过以下步骤获得DTI-ALPS...
基于fsl的DTI-ALPS处理流程的代码，包括DTI数据预处理、ROI手动勾画以及ALPS指数计算。ALPS是一种无创评估脑内淋巴系统功能的方法，涉及对侧脑室体水平的血管周围空间分析。处理过程分为三个步骤：预处理DTI数据，人工勾画ROI，计算ALPS指数。
12-29
基于FSL (FMRIB Software Library) 的DTI-ALPS处理流程通常是一个复杂的Python脚本或命令行操作序列。以下是大致的代码框架和步骤： 1. **DTI数据预处理**: ```python import numpy as np from nipype.interfaces....
阻塞性睡眠呼吸暂停中的淋巴系统功能障碍，由DTI-ALPS证据支持
cc1609130201的博客
02-21 505
DTI-ALPS指数与睡眠N阶段的呼吸暂停-低通气指数（AHI）显著负相关（r = -0.427, p = 0.042）（图3）和睡眠N期间的氧饱和度下降指数（r = -0.497, p = 0.036）。此外，我们获得了ROI处的纤维取向和扩散性作为体素级别，并最终为每种纤维选择了同一x轴上最大取向的一个体素，这可以提高找到每种纤维的准确性。在本研究中，我们发现淋巴系统功能，由DTI-ALPS指数表示，与OSA严重程度在N阶段睡眠中呈负相关，这由N阶段睡眠中的AHI和睡眠N期间的氧饱和度下降指数表示。
磁共振成像评估脑淋巴系统活性
cc1609130201的博客
05-06 1785
然而，由于MRI系统的变化，使用来自不同地点的数据不可避免地会引入偏差，包括硬件（例如，B0 场、B1 发射器和接收场的非均匀性）、采集参数（例如，重复时间、回波时间和体素大小）和重建算法，这些算法会影响信噪比、可重复性和识别疾病相关信号的偏差。使用这种新技术的报告表明，使用F检验测试的重新定向 ALPS 指数的方差显著小于原始ALPS指数的方差，并且扫描和重新扫描之间的ALPS指数值的绝对差异减少了大约 0.6%。此外，本文阐明了这些非侵入性 MRI 技术的基本概念和临床应用，突出了它们的优势和局限性。
FSL处理DTI数据详细流程（本人亲身经历的流程）
txapples的博客
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FSL处理DTI数据详细流程（本人亲身经历的流程） 文章目录FSL处理DTI数据详细流程（本人亲身经历的流程）前言一、格式转换和提取b0图像二、脑提取BET三、涡流矫正eddy四、张量计算总结 前言       最近在学习FSL处理DTI数据，发现网上的几篇博客都写的不太完整，也不太具体。自己花了好几天时间看了FSL的官方指导，才有了一个完整的处理流程方法 一、格式转换和提取b0图像 1.格式转换：    &nb
DTI预处理及确定性纤维束追踪
Yuan_Rhea的博客
12-31 6988
基于弥散张量成像的脑白质神经纤维追踪技术是目前可在活体无创地重建纤维的位移方法。准确、快捷的重建人类脑白质内的神经纤维，可以更好的了解一些临床疾病的机制，为脑部手术方案的选择、手术导航等针对性的治疗提供可靠的数据；也为人类认识功能、分析脑认知功能、揭示脑神经的传导机制提供可行的方法。 弥散张量成像是指水分子弥散的各向异性、不均匀组织弥散特征。DWI只有ADC一个标量来描述弥散，只代表弥散梯度磁场施加方向上水分子的弥散特点，而不能完全，正确地评价不同组织各向异性的特点。
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