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MRI data
文章平均质量分 81
lxy_Alex
这个作者很懒,什么都没留下…
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MRI-FSL pipeline 多进程并发和并发数控制
通过转入后台进程实现并行化shell的元字符&提供了在后台运行不需要键盘输入的程序的方法。输入命令后,其后紧跟&字符,该命令就会被送往到linux后台执行,而终端又可以继续输入下一个命令了。因此,最简单的并行化方法就是:&+wait例如如下面的代码, 串行执行大约需要10秒#!/bin/bashfor ((i=1;i<=3;i++)); do{ slee...原创 2019-10-20 23:34:17 · 665 阅读 · 0 评论 -
MRI机器学习工具箱nilearn: masker
masker 对象的概念对于任何基于神经影像的研究来说, 第一步都是要加载数据. 由于通常MRI是3D的, fmri加上时间这个轴, 是4D的, 对于机器学习模型来说, 这种4D的数据结构不便于分析. nilearn中 masking data 本质上是将4D的fmri数据变形成2D(voxel * timepoints). 但是如何将4D数据转为2D的数据, 对于不同的问题来说, 要选择的脑...原创 2019-04-25 12:15:13 · 2559 阅读 · 0 评论 -
FSL 功能磁共振影像分析: single-session
文章目录什么是single session分析基于HRF的模型信号多元回归t contastf contrastsingle session分析是fmri实验分析的最简单情况之一,这里以FSL官方的例子为例,总结一下这个方法:http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fslcourse/lectures/feat1_part2.pdf什么是single session分析sing...原创 2019-02-19 19:58:50 · 4345 阅读 · 0 评论 -
MRI图像处理:VBM原理和步骤
VBM是voxel-based morphometry的缩写, 是对被试之间灰质体素粒度统计分析。VBM可以得到人群中volume和gyrification的不同,对clinical score进行相关性分析,VBM不仅仅可以用于结构数据(T1),还可以用在fmri和PET数据上,分析由于结构变化带来的影响。VBM在研究中非常常见,除了VBM以外,还有一些类似的方法,例如基于表面的灰质厚度分析方...原创 2019-02-23 19:00:10 · 31128 阅读 · 22 评论 -
MRI相关的基本概念
磁共振基础磁共振磁共振(mageticresonanceMR);在恒定磁场中的核子(氢质子),在相应的射频脉冲激发后,其电磁能量的吸收和释放,称为磁共振。基本参数: TR, TETR(repetitiontime):又称重复时间。MRI的信号很弱,为提高MR的信噪比,要求重复使用同一种脉冲序列,这个重复激发的间隔时间即称TR。TE(echedelaytime):又称回波时间,即射频脉冲放...原创 2019-01-26 17:43:00 · 6542 阅读 · 0 评论 -
FSL的python和R语言接口
FSL除了本身支持shell命令调用以外, 还有一些其他语言的工具包.例如 python和R. fsl的python编程库称为fslpy, 是可视化工具FSLeyes的一部分.fslpy目前支持python 3.5, 3.6 and 3.7开发环境.FSL的python接口: fslpyfslpy的项目网址是: https://git.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslpyDep...原创 2019-01-10 15:50:51 · 2349 阅读 · 7 评论 -
FSL功能磁共振处理工具:feat(1)
基本介绍功能FSL的FEAT工具主要用在功能磁共振影像fmri的分析中。FEAT提供了fmri 的预处理和对实验设计简单的统计分析功能,同时也具有足够的灵活性以允许对最复杂的实验进行复杂分析。调用方式和FSL的诸多命令一样, feat提供了GUI界面和命令行调用两种方式. 启动feat的GUI界面, 可以在shell控制台中输入fsl, 点击feat按钮, 弹出界面如下图所示:GUI界...原创 2018-12-19 09:36:22 · 7682 阅读 · 2 评论 -
XNAT神经影像多中心数据管理开源平台vagrant虚拟机部署方案
XNAT( extensible Neuroimaging Archive Toolkit )是一个开源的软件平台,旨在帮助神经影像及其相关数据的管理和挖掘。XNAT包括一个加密的后端数据库和一个基于万维网的丰富的人机界面(XND)。XNAT项目由华盛顿大学、哈佛大学、哈佛大学胡格斯医学院( Howard Hughes Medical Institute)和生物医学信息技术研究组织( Biom...原创 2018-09-17 17:46:20 · 2241 阅读 · 6 评论 -
磁共振影像分析之: 基于FSL的VBM分析(2)
统计分析生成好study-specific模板, 下来要做统计分析组间差异了. 如果用fsl提供的vbm方案, 这一步对应的就是fslvbm_3_proc这个命令了.fslvbm_3_proc这一步和实验设计和研究问题本身很有关系. 这里讲讲fslvbm_3_proc命令的内部过程吧. 这个文件保存在 $FSLDIR/bin中, 可以用vim查看vim $FSLDIR/bin/fs...原创 2018-05-31 19:52:59 · 5954 阅读 · 3 评论 -
磁共振影像分析之: 基于FSL的VBM分析(1)
磁共振影像分析之: 基于FSL的VBM分析(1)基本概念在开始之前, 先给出几个基本概念: 磁共振成像磁共振成像(Magnetic Resonance Imaging, MRI)是一种基于核磁共振原理和射频波探测组织结构和功能的医学影像技术. 值得一提的是, 磁共振成像技术没有辐射, 对人体没有影响. 结构磁共振(structural magnetic resonance...原创 2018-04-10 19:47:23 · 15324 阅读 · 13 评论 -
核磁数据处理之: FSL数据快视
数据质量检查的时候, 惯用的做法是用fsleyes逐个打开检查, 当数据量变大的时候, 这个做法非常消耗时间和精力. 考虑到NifTI数据本质上就是好多成像切片三维重建的, 如果可以将其中一些切片拿出来在html中批量显示, 一个NifTI文件对应一排切片图像, 这样就可以到达快速检查的目的. 好在FSL已经提供了这样的功能, 只需要组合两个FSL命令: slicesdir 和imglob. ...原创 2018-04-08 18:09:43 · 3664 阅读 · 1 评论 -
MRI数据处理: FSL线性配准flirt命令
flirt 是FSL的线性修正工具. 官方提供了非常丰富的调用方式: - 命令Flirt可以启动FLIRT的GUI + InvertXFM, ApplyXFM, ConcatXFM - 命令flirt 是命令行工具 - misc flirt utilities – flirt附属的命令行工具.flirt是进行仿射变换的主要程序.参数包括了 -in 指定的输入图像, -ref 指定...原创 2018-03-21 20:36:22 · 11669 阅读 · 7 评论 -
核磁数据处理: FSL系列之bet命令
bet命令用于脑组织的提取.有GUI和命令行两种调用方式. 下图是bet的GUI界面. 在shell中输入命令Bet就可以启动bet的GUI界面了. 界面非常简单,只需要制定输入图像,设置图像密度阈值f, 选择bet命令执行的方式:Run standard brain extraction using bet2 或者其他. 点击Go就可以运行得到结果了. 命令行调用bet最典型的格式为:...原创 2018-03-20 20:12:49 · 8856 阅读 · 4 评论 -
MRI数据处理: FSL非线性配准命令fnirt
非线性配准 fnirt为了排除个体差异, 进而使得个体间脑组织的对比得以实施, 常需要将不同的大脑配准到公共的模板/空间. 这样做是为了后续用TBSS等统计方法进行组间分析(compare fractional anisotropy or tissue composition). 配准算法根据适用的问题不同分为线性和非线性两种, flirt采用了线性配准算法, 所谓的线性配准就是采用坐标旋转\...原创 2018-03-23 11:40:43 · 10642 阅读 · 3 评论 -
核磁数据处理之配准标准模板
说到registration,就必须要首先介绍一下模板.由于人脑存在个体差异, 扫描时候的图像在空间中的坐标也不同, 研究时必须要首先消除个体差异,统一坐标, 也就是需要将被试人员的大脑全部”订正/配准”到标准模板上, 这样后续才能进行统计分析. 目前国际上最广泛使用的标准模板是MNI152. MNI是加拿大的蒙特利尔神经科学研究中心 “Montreal Neurosciences Instit...原创 2018-03-16 11:37:36 · 12550 阅读 · 9 评论 -
DTI数据处理: from scanner to statistics
安装准备工具: FSL, MRIcron准备工作:MRIcron安装MRIcron的下载地址: http://www.mccauslandcenter.sc.edu/mricro/mricron/dcm2nii.htmlFSL安装:FSL是一个FMRI, MRI和DTI数据的的分析库. 支持OSX和linux系统, windows需要在虚拟机运行. 所有的...原创 2018-02-23 15:46:35 · 18884 阅读 · 15 评论 -
核磁数据处理: FSL系列之segmentation工具FAST
fsl的segmentation工具: FAST (FMRIB’s Automated Segmentation Tool)将大脑组织的3D影响分解为不同的组织,比如灰质\白质\脑脊液等等, 同时还可以进行spatial intensity variations的修正, 也就是bias field或者RF inhomogeneities. 在终端输入Fast, 打开FAST的GUI界面, 输入...原创 2018-03-15 20:27:22 · 4391 阅读 · 1 评论 -
核磁数处理和数据分析的资源汇总-不断更新
在线电子书:http://www.magnetic-resonance.org/几个专业名词:axial diffusivity (AD) fractional anisotropy (FA) mean diffusion (MD) radial diffusivity (RD)数据查看和格式转换网上资源:A wiki that provides more inform...原创 2018-03-15 08:28:08 · 6588 阅读 · 0 评论