Igraph入门指南 3

4、图转换到其他R数据结构

图是对实体关系的表达，在igraph中，图可以转换为三种数据结构。

4-1 图转邻接矩阵：as_adjacency_matrix | as_adj，结果是矩阵

邻接矩阵又分为有向图邻接矩阵和无向图邻接矩阵，但本函数使用无向图，有向图忽略边的方向，矩阵可以是上三角、下三角或一般矩阵，这通过参数type设置；

百度百科：

邻接矩阵（Adjacency Matrix）是表示顶点之间相邻关系的矩阵。设G=(V,E)是一个图，其中V={v1,v2,…,vn}。G的邻接矩阵是一个具有下列性质的n阶方阵：

①对无向图而言，邻接矩阵一定是对称的，而且主对角线一定为零（在此仅讨论无向简单图），副对角线不一定为0，有向图则不一定如此。

②在无向图中，任一顶点i的度为第i列（或第i行）所有非零元素的个数，在有向图中顶点i的出度为第i行所有非零元素的个数，而入度为第i列所有非零元素的个数。

③用邻接矩阵法表示图共需要n^2个空间，由于无向图的邻接矩阵一定具有对称关系，所以扣除对角线为零外，仅需要存储上三角形或下三角形的数据即可，因此仅需要n（n-1）/2个空间。

> g <- sample_gnp(10, 2 / 10)
> as_adjacency_matrix(g)
10 x 10 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

 [1,] . . . . . . 1 . . .
 [2,] . . . . 1 1 . . . .
 [3,] . . . 1 . . . 1 . .
 [4,] . . 1 . . . . . . .
 [5,] . 1 . . . . . 1 1 .
 [6,] . 1 . . . . . . . .
 [7,] 1 . . . . . . . . 1
 [8,] . . 1 . 1 . . . . .
 [9,] . . . . 1 . . . . .
[10,] . . . . . . 1 . . .

可见，邻接矩阵用行位置和列位置来匹配边的起始顶点和终止顶点，如果两个顶点间存在一条边，就在交接处填入数字1。如果想找一条边起点，需要看该表在矩阵中的行号，终点需要看列号。

MIT 的Gilbert Strang教授在线性代数视频中，也用矩阵表示图，但他在起始顶点的位置填-1，在终点位置填1，他的表示法和igraph不同，矩阵所有元素之和是0，似乎有特殊的数学意义。

邻接矩阵，igraph默认填入数字1，如果想将边的属性值（比如边的权值）填入，可以通过设置参数attr = "weight实现：

> E(g)$weight <- 2
> as_adjacency_matrix(g, attr = "weight")
10 x 10 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
  [[ suppressing 10 column names ‘a’, ‘b’, ‘c’ ... ]]

a . . . . . . 2 . . .
b . . . . 2 2 . . . .
c . . . 2 . . . 2 . .
d . . 2 . . . . . . .
e . 2 . . . . . 2 2 .
f . 2 . . . . . . . .
g 2 . . . . . . . . 2
h . . 2 . 2 . . . . .
i . . . . 2 . . . . .
j . . . . . . 2 . . .

igraph默认用顶点的ID号对应邻接矩阵的行号和列号，但如果设置了顶点的name属性，igraph会自动用顶点名替换邻接矩阵的行号

> V(g)$name <- letters[1:vcount(g)]
> as_adjacency_matrix(g)
10 x 10 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
  [[ suppressing 10 column names ‘a’, ‘b’, ‘c’ ... ]]

a . . . . . . 1 . . .
b . . . . 1 1 . . . .
c . . . 1 . . . 1 . .
d . . 1 . . . . . . .
e . 1 . . . . . 1 1 .
f . 1 . . . . . . . .
g 1 . . . . . . . . 1
h . . 1 . 1 . . . . .
i . . . . 1 . . . . .
j . . . . . . 1 . . .

4-2 专用函数：二部邻接矩阵as_biadjacency_matrix

据百度百科：二分图又称作二部图，是图论中的一种特殊模型。 设G=(V,E)是一个无向图，如果顶点V可分割为两个互不相交的子集(U,V)，并且图中的每条边（i，j）所关联的两个顶点i和j分别属于这两个不同的顶点集(i in U,j in V)，则称图G为一个二分图。

g <- make_bipartite_graph(c(