netMHCpan 4.1b安装和使用

一、软件下载

        网址：services.healthtech.dtu.dk（使用edu邮箱进行下载）

二、数据包下载

        https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetMHCpan-4.1/data.tar.gz，包含HLA等位基因类型等数据信息

三、压缩包解压

        tar -xvf netMHCpan-4.1b.Linux.tar.gz

        tar -zxvf data.tar.gz

四、参数设置

        在运行netMHCpan软件之前，需要对netMHCpan软件所在文件夹和tmp文件夹路径进行设置；

        打开“ netMHCpan* ”文件，对 “NMHOME” 和“TMPDIR”进行设置

五、tcsh安装

        因为程序运行需要导入/bin/tcsh，如果系统中没有安装tcsh，需要先进行安装后才能正常运行程序。

        sudo apt-get install tcsh

六、添加软链接

        想偷懒，不想每次使用都需要netMHCpan程序所在的完整路径，建议给netMHCpan添加软链接（将路径链接到/usr/local/bin/目录下）

        sudo ln -s /home/usrname/software/netMHCpan-4.1/netMHCpan /usr/local/bin/

注：其它该网站的软件，如netMHCIIpan等软件的安装，可以参考上述方法。