Ribotree是DasLab开发的一款用于RNA设计的工具,需要安装arnie。
但根据arnie在github上的readme文档进行设置,并没有成功。
后来发现可以直接使用pip install arnie,来进行arnie包的安装,但由于arnie包本身就是一个打包不同二级结构预测程序的包,所以在~/.bashrc文件中需要设置 ARNIEFILE 。
所以,安装arnie包的过程如下:
1)根据github上arnie源文件的example_arnie_file.txt,进行RNAfold、CONTRAfold等程序路径的设定,并将编辑的arnie_file.txt的绝对路径写入~/.bashrc 文件(在步骤二的基础上,需要设置 vienna 和 vienna_2);
2)pip install arnie
然后打开python编码界面,即可载入arnie及其函数,并使用arnie_file.txt中的各个打包的程序了(当然,前提是这些程序已经可以正常使用)。
最后,祝大家好运吧~