IGV+VNC(ubuntu)

1、确定ubuntu是否安装桌面环境?

运行命令:ls -l /usr/share/xsessions

如已安装,会输出桌面示例:

如未安装,会输出示例:

安装桌面环境命令:

sudo apt-get install ubuntu-desktop

安装桌面软件,包括系统面板、窗口管理器、文件浏览器、终端等各类桌面应用程序

sudo apt-get install gnome-panel gnome-settings-daemon metacity nautilus gnome-terminal

2、安装VNC server

TightVNC:是一个小巧而强大的VNC工具,支持Windows、Linux以及Unix等多种操作系统,具有较高的安全性和性能。

sudo apt-get install tightvncserver

运行以下命令启动VNC服务器:

tightvncserver

设置access your desktops的密码(第一次运行时,会提示您设置一个访问密码,用于远程连接到您的Linux系统):

特别提醒:

遇到read-only选择时,一定要选“no”,不然后续无法进行操作,只能看了。

3、配置Xstartup文件

vim ~/.vnc/xstartup

在文件的最后添加以下内容:

#!/bin/sh

unset SESSION_MANAGER

unset DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS

startxfce4 &

保存退出后,执行以下命令:

chmod +x ~/.vnc/xstartup

4、启动VNC Server服务

现在,您需要重新启动VNC服务器以使更改生效。运行以下命令:

tightvncserver -kill :1

5、配置防火墙

配置前,先查看监听端口(vnc默认端口号是5900,开启第一个VNC进程就是访问5901端口,开启第二个就是5902,以此类推)

放行防火墙

sudo ufw allow 5901/tcp

6、查看启动的Server

tightvncserver -geometry 1024x768

(此时,如果本地计算机已经安装VNC viewer, 就可以远程连接Ubuntu系统的桌面了)

7、在本地计算机上安装VNC Viewer

Download TightVNC

下载完成后,双击安装即可。

8、运行VNC Viewer

1)点击 Run TightVNC Server

2)运行 TightVNC Viewer

弹出对话框:

在Remote Host对话框中,填写ubuntu上激活的vnc窗口

如上图所示:192.168.13.333::5901,点击“Connect”,再次弹出对话框:

填入ubuntu VNC server密码即可。

点击“连接”按钮,在输入连接密码后即可连接远程VNC服务器并打开设定的显示器。如果按照第1步的操作设置并启动了VNC Server,那么此时的显示界面会是这样:

VNC Viewer连接服务器以后,出现灰色的背景表明远程服务器上的X服务已经启动起来了,只不过桌面上什么应用也没有,因此也就什么也看不见。

9、编辑VNC的启动脚本

vim ~/.vnc/xstartup

把需要启动的应用程序写入,保存后,关闭源端口,重新开启vnc端口,即可正常访问。

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IGV(Integrative Genomics Viewer)是一种用于可视化和分析基因组数据的计算工具。在可变剪接分析中,IGV可以提供有助于研究人员理解可变剪接事件的视觉化和分析工具。 可变剪接是一种基因表达调控机制,它允许一个基因产生多个转录本(mRNA),从而在其编码蛋白质序列中产生多样性。可变剪接在多个生物过程中发挥重要作用,包括细胞分化和发育、免疫应答和疾病的发生。 使用IGV进行可变剪接分析时,研究人员可以加载已经测序并进行基因组比对的转录组数据。IGV提供了一个可交互的基因组浏览器,可以根据用户的需求导航浏览基因组的各个区域。研究人员可以通过简单的鼠标操作放大缩小特定区域,观察基因的表达情况和可变剪接事件的发生。 IGV还提供了多种显示方式,用于可视化可变剪接事件。例如,利用堆叠图显示类似于stacked bar chart或rhombus plot的数据展示方式,可以直观地展示在给定基因上多个可变剪接的转录本相对表达水平。此外,研究人员还可以通过颜色编码或其他方式对可变剪接事件进行标记,以便进一步分析和注释。 总之,IGV作为一种强大的基因组数据分析工具,在可变剪接分析中发挥了重要作用。它提供了可视化和交互式的界面,帮助研究人员深入研究可变剪接事件,并为科学家进一步理解这一过程提供有力支持。
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