miniconda的安装

1. conda 是一个开源的包、环境管理器，可以用于在同一个机器上安装不同版本的软件包及其依赖，并能够在不同的环境之间切换。

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找到自己想要安装的版本，我这里选择的是Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh

2.安装miniconda,利用Bash命令

bash Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh

显示安装成功

3.重新加载一下配置文件.bashrc，类似更新

source ~/.bashrc

 4. 查看安装的版本和安装的软件列表

#查看安装的conda的版本，检验是否安装成功
conda --version 
 
 
#查看已安装的包
conda list

5.配置全路径

#配置全路径
vim ~/.bashrc

export PATH=/data/home/hgzhong/home/miniconda/ll/bin:$PATH

#点击esc键，输入：wq保存并退出

#更新
source ~/.bashrc

 6.添加镜像

conda config --add channels genomedk
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

#查看镜像
#查看已配置的镜像
conda config --show

#删除镜像
#删除某个镜像源
conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

 7.常用命令

创建环境

查看已有环境

conda env list 
conda info -e

检查更新当前conda ，版本不是过于老可不更新

conda update conda

创建python虚拟环境

conda create -n xxx python=x.x

创建好的虚拟环境可以在Miniaconda安装目录envs文件下找到。

激活环境

activate xxx

关闭虚拟环境，回到base环境下

deactivate env_name

删除虚拟环境

conda remove -n xxx --all

安装包，在部分包安装不上时 conda 和 pip 可以切换使用，操作和python安装包一样

conda install numpy==x.x.x
pip install numpy==x.x.x

8. 常用软件

samtools, gatk4, bcftools, vcftools, sratools, seqtk, seqkit, fastp, fastq, fastqc, trimmomatic, freebays, bwa, eggnog-mapper, trf, blast, mafft, muscle, clustalw, circle, delly, gcta, tassel, gemma, emmax, hmmer, java-jdk, perl, pip, tk, wget, unzip, canu, plink, python...